중소기업 법인을 운영하고 있습니다. 적자가 난 사업연도에 결손금 소급공제를 신청해 직전 사업연도에 낸 법인세 중 2천만 원을 환급받았습니다. 그런데 최근 세무조사에서 그 적자 연도의 비용 일부가 인정되지 않아 결손금이 줄어들 것 같다는 이야기를 들었습니다. 이미 받은 환급금을 다시 내야 하는지, 이자도 붙는지 궁금합니다.
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결손금이 경정으로 줄어들면 줄어든 만큼에 해당하는 환급세액을 다시 내야 하고, 이자상당액도 더해집니다. 다만 소급공제를 받지 않고 남겨 둔 결손금이 있었다면 그 부분이 먼저 줄어든 것으로 보므로, 추징액이 줄거나 없을 수 있습니다.
법인세법 제72조 제5항 제1호는 소급공제로 환급한 뒤 결손금이 발생한 사업연도의 과세표준과 세액을 경정해 결손금이 감소된 경우, 과다하게 환급한 세액 상당액에 이자상당액을 더해 징수한다고 정합니다. 이 금액은 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로 징수합니다.
얼마를 내는지는 법인세법 시행령 제110조가 정합니다. 같은 조 제3항은 당초 환급세액에, 감소된 결손금 중 소급공제받지 않은 결손금을 넘는 금액이 소급공제 결손금에서 차지하는 비율을 곱해 계산합니다. 같은 항 단서는 결손금 일부만 소급공제받은 경우 소급공제받지 않은 결손금이 먼저 감소된 것으로 봅니다. 같은 조 제4항은 이자상당액을 당초 환급세액 통지일 다음 날부터 고지일까지 1일 10만분의 22의 율로 계산하되, 과다 환급에 정당한 사유가 있으면 다른 이자율을 적용한다고 정합니다.
질문하신 경우 결손금 전부를 소급공제에 썼다면, 예를 들어 소급공제 결손금이 1억 원이고 3천만 원이 줄면 환급세액 2천만 원의 10분의 3인 600만 원에 이자상당액을 더해 냅니다. 반대로 결손금 중 2천만 원을 소급공제하지 않고 이월해 두었다면, 3천만 원 감소분 중 2천만 원은 그 이월분에서 먼저 줄어든 것으로 봅니다. 그러면 소급공제 결손금은 1천만 원만 줄어 추징 범위가 좁아집니다. 줄어든 결손금이 소급공제받지 않은 결손금보다 작거나 같다면, 산식상 넘는 금액이 없으므로 다시 낼 환급세액이 생기지 않습니다.
결손금 외의 사유로도 징수될 수 있습니다. 법인세법 제72조 제5항 제2호는 결손금이 생긴 사업연도의 직전 사업연도 과세표준과 세액을 경정해 환급세액이 감소된 경우를, 제3호는 중소기업이 아닌 법인이 환급받은 경우를 징수 사유로 정합니다. 같은 조 제6항은 당초 환급세액의 계산 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액이나 과세표준이 달라지면 즉시 당초 환급세액을 경정해 추가로 환급하거나 과다 환급한 세액을 징수하도록 정합니다. 이번 조사가 직전 사업연도까지 다루는지도 확인해 보세요.
이자상당액은 고지일까지 날마다 늘어나므로 조사 결과 통지 내용을 빨리 확인하세요. 계산 기간이 당초 환급 통지일 다음 날부터 시작하므로, 환급을 받은 지 오래되었을수록 금액이 커집니다. 어떤 비용이 왜 인정되지 않았는지, 결손금이 실제로 얼마 줄었는지 따져 보고, 다툴 부분이 있다면 근거 자료를 모아 두세요. 소급공제 신청서와 환급 통지서, 결손금 계산 자료도 함께 보관하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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