저희 회사가 오래 거래하던 작은 법인을 흡수합병했습니다. 합병 등기를 마친 뒤에야 소멸한 법인이 합병 전에 신고만 하고 내지 못한 부가가치세가 있다는 걸 알게 됐습니다. 이미 없어진 회사의 세금인데 합병한 저희 회사가 이 세금을 내야 하는지, 아직 고지되지 않은 세금도 마찬가지인지 알고 싶습니다.
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흡수합병으로 소멸한 법인의 세금은 합병 후 존속하는 회사가 내야 합니다. 이미 고지된 세금뿐 아니라 소멸한 법인이 내야 했던 세금이라면 아직 고지되지 않은 것도 함께 넘어옵니다.
국세기본법 제23조는 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비를 납부할 의무를 진다고 정합니다. 부과된 세금과 납부할 세금을 함께 적고 있으므로, 합병 당시 고지가 나왔는지와 관계없이 소멸한 법인이 냈어야 할 국세가 승계 대상입니다.
질문하신 경우 소멸한 법인이 합병 전에 부가가치세를 신고하고 내지 않았으므로 그 세금은 소멸한 법인이 납부할 국세입니다. 합병으로 회사가 사라졌다고 세금이 없어지는 것이 아니라, 존속하는 질문자 회사가 그 세금과 강제징수비를 내야 합니다. 아직 고지서가 나오지 않았더라도 소멸한 법인이 납부할 국세라면 같은 조에 따라 질문자 회사가 낼 의무를 지므로, 미리 금액을 확인하고 납부 계획을 세워 두는 것이 좋습니다. 흡수합병이 아니라 두 회사가 합쳐 새 회사를 세우는 신설합병이었다면, 같은 조에 따라 합병으로 설립된 법인이 이 의무를 집니다.
합병에 따른 신고 절차도 챙기셔야 합니다. 부가가치세법 제8조 제8항은 등록한 사업자가 폐업하면 지체 없이 신고하도록 정합니다. 부가가치세법 시행령 제13조 제4항은 법인이 합병할 때 합병 후 존속하는 법인 또는 소멸하는 법인이 합병 후 존속하는 법인의 인적사항, 소멸법인의 인적사항, 합병연월일 등을 적은 법인합병신고서에 사업자등록증을 붙여 소멸법인의 폐업 사실을 소멸법인 관할 세무서장에게 신고하도록 정합니다. 이 신고를 아직 하지 않았다면 서둘러 하세요. 이 신고는 존속 법인과 소멸 법인 중 어느 쪽이 해도 됩니다.
강제징수비까지 승계 대상에 들어가므로, 소멸한 법인 재산에 강제징수 절차가 진행되던 중이었다면 그 비용도 함께 넘어옵니다. 또 법인세법 제60조 제4항은 내국법인이 합병으로 해산하는 경우 법인세 신고서에 합병등기일 현재의 피합병법인 재무상태표와 합병법인이 승계한 자산 및 부채의 명세서 등을 첨부하도록 정하므로, 소멸 법인 마지막 사업연도의 법인세 신고도 함께 챙기셔야 합니다. 승계받는 세금이 부가가치세 하나뿐인지, 법인세나 원천징수 세금도 남아 있는지 세목별로 확인하세요.
소멸한 법인의 관할 세무서에 미납 세목과 금액을 조회하고, 소멸한 법인의 신고서와 장부를 넘겨받아 보관해 두세요. 합병 계약서에 합병 전 세금 부담을 어떻게 나누기로 했는지 정한 조항이 있는지도 살펴보시기 바랍니다. 그런 약정은 당사자 사이의 정산 문제일 뿐, 세무서에 대해 존속 법인이 지는 납부의무를 없애지는 못합니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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