종합소득세를 기한 안에 신고하고 냈는데, 얼마 전 세무서에서 일부 경비를 인정하지 않는다며 세금을 더 내라는 결정 통지와 고지서를 받았습니다. 저는 그 경비가 사업과 관련된 것이라 증액이 잘못됐다고 생각합니다. 경정청구는 5년 안에만 하면 된다고 알고 있었는데, 세무서가 늘린 부분도 5년 안에 아무 때나 경정청구하면 되는지 알고 싶습니다.
세무서가 결정이나 경정으로 늘린 세금에 대해서는 5년이 아니라 처분의 통지를 받은 날부터 3개월 이내에 경정청구를 해야 합니다. 5년은 처음 신고한 내용을 고칠 때의 기간이고, 증액된 부분에는 이보다 짧은 기간이 따로 정해져 있습니다.
국세기본법 제45조의2 제1항 본문은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 사람이 신고한 세액이 세법에 따라 신고해야 할 세액을 초과하는 경우 등에 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있다고 정합니다. 같은 항 단서는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날, 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있고, 이 경우에도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다고 정합니다.
질문하신 경우 세무서가 경비를 인정하지 않아 세금을 늘렸으므로, 다투려는 부분은 결정 또는 경정으로 증가된 세액입니다. 결정 통지를 받은 날부터 3개월 안에 경정청구를 해야 하고, 이 기간을 넘기면 5년이 남아 있어도 증액 부분은 이 방법으로 다투기 어렵습니다. 처음 신고 때 빠뜨린 다른 공제처럼 증액과 관계없는 부분은 본문의 5년 기간이 적용됩니다. 처음 신고 때 잘못된 부분과 세무서가 늘린 부분을 함께 다투려면 기간이 서로 다르므로, 짧은 3개월 안에 한꺼번에 청구하는 편이 안전합니다.
같은 조 제1항 제1호는 신고서에 적은 세액이 세법에 따라 신고해야 할 세액을 초과할 때를 청구 사유로 들면서, 결정 또는 경정이 있으면 그 결정 또는 경정 후의 세액을 기준으로 한다고 정합니다. 증액된 뒤에는 늘어난 세액까지 포함한 금액이 비교 기준이 되고, 그중 증액된 부분에 3개월 기간이 붙는 셈입니다. 3개월은 통지를 받은 날부터 세므로 결정 통지서를 받은 날짜를 수령 기록으로 확인해 두세요.
경정청구 말고 불복 절차를 밟는 방법도 있습니다. 같은 법 제61조 제1항은 심사청구를, 제68조 제1항은 심판청구를 해당 처분이 있음을 안 날, 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 90일 이내에 하도록 정합니다. 경정청구를 하면 제45조의2 제3항에 따라 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 알려야 하고, 그 기간 안에 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다.
어느 방법을 택하든 기한이 짧으므로 결정 통지서를 받은 날짜부터 확인해 달력에 적어 두세요. 문제가 된 경비의 계약서, 세금계산서, 이체 내역과 사업 관련성을 보여 줄 자료를 지금부터 모아 두시기 바랍니다. 경정청구서에는 증액된 부분이 왜 잘못인지와 그 근거 자료를 함께 내는 것이 좋습니다. 기한이 촉박하면 근거 자료를 다 모으기 전이라도 먼저 기한 안에 청구서를 내 두는 편이 낫습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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