합병으로 사라지는 법인은 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 양도손익에 법인세가 붙는 것이 원칙입니다. 다만 법인세법이 정한 적격합병 요건을 모두 갖추면 양도손익이 없는 것으로 할 수 있어 당장 법인세를 내지 않을 수 있습니다. 합병 뒤 일정 기간 사후 요건도 지켜야 합니다. 법인세법 제44조 제1항은 피합병법인이 합병으로 해산하면 그 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보고, 받은 양도가액에서 순자산 장부가액을 뺀 양도손익을 합병등기일이 속하는 사업연도 소득에 넣는다고 정합니다. 같은 조 제2항은 다음 요건을 모두 갖춘 적격합병이면 양도가액을 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 정합니다. 첫째, 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병이어야 합니다. 둘째, 피합병법인 주주가 받은 합병대가 중 합병법인 주식 등의 가액이 100분의 80 이상이고, 정해진 주주가 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유해야 합니다. 셋째, 합병법인이 승계받은 사업을 그 사업연도 종료일까지 계속해야 합니다. 넷째, 합병등기일 1개월 전 피합병법인 근로자 중 승계한 비율이 100분의 80 이상이고 그 사업연도 종료일까지 유지해야 합니다. 같은 항 단서는 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 둘째부터 넷째까지의 요건을 갖추지 못해도 적격합병으로 볼 수 있다고 정합니다. 적격합병은 세금을 없애 주는 것이 아니라 미뤄 주는 제도입니다. 법인세법 제44조의3 제1항은 적격합병을 한 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하고, 장부가액과 시가의 차액을 자산별로 계상하도록 정합니다. 같은 조 제2항은 피합병법인의 결손금과 세무조정 사항 등도 정해진 바에 따라 승계하도록 합니다. 자산을 장부가액으로 넘겨받으므로 부동산의 시세 차익은 사라지는 것이 아니라 합병법인 쪽에 그대로 남게 됩니다. 질문하신 경우 두 법인이 모두 1년 이상 사업을 해 왔고, 합병대가를 주로 합병법인 주식으로 주며, 사업과 직원을 그대로 이어받는다면 적격합병이 될 수 있습니다. 법인세법 제44조 제3항의 특례는 내국법인이 지분 전부를 가진 법인과의 합병이나 같은 내국법인이 지분 전부를 가진 법인끼리의 합병에 적용되므로, 개인인 대표가 지분을 가진 경우에는 제2항의 요건을 갖춰야 합니다. 적격합병 뒤에도 법인세법 제44조의3 제3항은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 승계받은 사업을 폐지하거나, 피합병법인 주주가 받은 주식을 처분하거나, 근로자 수가 합병 전 두 법인 합계의 100분의 80 미만으로 떨어지면 미뤄 둔 차액 등을 익금에 산입하도록 정합니다. 합병 계획 단계에서 주식 배정 방식과 고용 유지 계획을 함께 정리해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.