개인사업으로 운영하던 공장 건물과 기계를 현물출자해 법인으로 전환하면서 양도소득세 이월과세를 적용받았습니다. 법인 설립등기를 한 지 3년쯤 되었는데, 자금이 필요해 제가 받은 주식 중 30%를 지인에게 팔려고 하고, 나중에 더 팔 수도 있습니다. 이렇게 주식을 일부 팔면 미뤄 둔 양도소득세를 내야 하는지 궁금합니다.
설립등기일부터 5년 이내에 법인전환으로 받은 주식의 100분의 50 이상을 처분하면 미뤄 둔 이월과세액을 양도소득세로 내야 합니다. 30%만 파는 것은 이 기준에 미치지 않으므로 지금은 내지 않아도 되지만, 남은 기간 동안 처분 비율을 관리해야 합니다. 다만 5년 안에 더 팔거나 증여해 처분한 주식이 합쳐서 100분의 50 이상이 되면 납부 사유가 됩니다.
조세특례제한법 제32조 제1항은 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 일정한 사업 양도·양수 방법으로 법인으로 전환하면 그 사업용고정자산에 이월과세를 적용받을 수 있다고 정합니다. 제5항은 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 법인이 승계받은 사업을 폐지하거나(제1호), 이월과세를 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우(제2호), 그 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(법인이 이미 납부한 세액 제외)을 양도소득세로 내야 한다고 정합니다.
같은 법 시행령 제29조 제7항은 이 처분에 주식의 유상이전, 무상이전, 유상감자와 무상감자(지분 비율대로 균등하게 소각하는 경우 제외)를 포함합니다. 다만 사망이나 파산으로 처분하는 경우, 합병·분할로 처분하는 경우, 회생절차에서 법원 허가를 받아 처분하는 경우, 법령상 의무를 이행하기 위해 처분하는 경우 등은 제외합니다. 제6항은 법인이 승계받은 사업용고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업의 폐지로 봅니다.
질문하신 경우 설립등기 후 3년이 지났으므로 아직 5년 안입니다. 지인에게 30%를 파는 것은 유상이전이어서 처분에 해당하지만, 비율이 100분의 50에 미치지 않아 지금 당장 납부 사유가 생기지는 않습니다. 남은 2년 안에 추가로 팔거나 가족에게 증여해 처분한 주식이 합쳐서 100분의 50 이상이 되면, 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액을 내야 합니다. 회사가 질문자의 주식만 감자하는 방식처럼 지분 비율대로 균등하게 소각하지 않는 감자도 처분에 들어갑니다. 가업승계 목적으로 자녀에게 증여하고 자녀가 증여세 과세특례를 적용받는 경우는 처분에서 빠지지만, 이때는 시행령 제29조 제8항에 따라 자녀를 해당 거주자로 보아 같은 규정을 계속 적용하고 5년은 보유 기간을 통산해 계산합니다. 또 법인이 넘겨받은 공장 건물과 기계의 절반 이상을 팔거나 쓰지 않게 되어도 사업 폐지로 보아 같은 의무가 생깁니다.
5년은 설립등기일부터 계산하므로 등기부상 날짜를 확인해 두세요. 주식을 넘길 때마다 날짜, 주식 수, 상대방을 기록해 두면 처분 비율을 정확히 관리할 수 있습니다. 납부기한은 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월로 짧으므로, 추가로 팔기 전에 남은 기간과 누적 비율을 먼저 계산해 보세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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