중소기업 기준 초과 후 유예기간, 세제 혜택은 몇 년 더 받을 수 있나요?

Q

직원 40명 정도인 제조업 법인을 9년째 운영하고 있습니다. 최근 큰 거래처를 잡으면서 매출이 크게 늘어 이번 사업연도에는 세법상 중소기업 매출 기준을 넘을 것 같습니다. 회사는 상장되어 있지 않고 다른 회사와 합병할 계획도 없습니다. 그동안 받던 중소기업 세제 혜택이 바로 끊기는지, 일정 기간 계속 중소기업으로 인정받을 수 있는지 알고 싶습니다.

A
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매출이 늘어 중소기업기준을 넘게 되더라도 바로 중소기업에서 빠지지 않습니다. 기준을 처음 넘은 과세연도와 그 다음 5개 과세연도까지는 중소기업으로 보고, 이 기간이 지난 뒤에는 과세연도마다 다시 중소기업인지 판정합니다. 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 세법상 중소기업의 요건으로 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준 이내일 것, 독립성 요건을 갖출 것, 부동산 임대업 등을 주된 사업으로 하지 않을 것 등을 정하고, 자산총액이 5천억원 이상이면 중소기업으로 보지 않는다고 정합니다. 같은 조 제2항은 중소기업이 규모 확대 등으로 매출액 기준이나 자산총액 기준 등을 갖추지 못하게 되면, 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도까지 중소기업으로 본다고 정합니다. 5년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일 현재 유가증권시장이나 코스닥시장에 상장되어 있으면 7개 과세연도까지입니다. 다만 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 경우, 유예기간 중인 기업과 합병하는 경우, 일정한 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 경우, 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 넘는 경우에는 유예기간을 적용하지 않습니다. 질문하신 회사는 9년째 운영 중이어서 창업 후 2년 이내에 기준을 넘은 경우가 아니고, 합병 계획도 없으며, 매출 증가라는 규모 확대 때문에 기준을 넘게 됩니다. 따라서 매출 기준을 처음 넘는 과세연도와 그 다음 5개 과세연도까지는 이 조항에 따른 중소기업으로 보아 중소기업을 요건으로 하는 세제 혜택을 계속 받을 수 있습니다. 기준을 처음 넘은 과세연도를 포함하면 모두 6개 과세연도 동안 중소기업으로 보는 셈입니다. 비상장 법인이므로 7개 과세연도가 아니라 5개 과세연도가 적용되지만, 5년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일 현재 상장되어 있게 되면 7개 과세연도로 늘어납니다. 같은 조 제3항은 둘 이상의 사업을 하면 사업별 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 보도록 정하므로, 업종 기준도 이에 따라 정해집니다. 유예기간이 끝난 뒤에는 과세연도별로 제1항에 따라 다시 판정하므로, 그때 매출이 기준 안에 있으면 다시 중소기업이 될 수 있습니다. 업종별 매출 기준 금액은 중소기업기본법 시행령 별표 1에서 정하므로 회사 업종의 기준을 먼저 확인하세요. 같은 조 제5항은 그 시행령이나 별표 개정으로 중소기업에 해당하지 않게 된 때는 그 과세연도와 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다고 따로 정합니다. 유예기간이 언제 끝나는지에 따라 각종 감면을 받을 수 있는 마지막 과세연도가 달라지므로, 기준을 처음 넘은 과세연도를 정확히 기록해 두고, 유예기간 중 합병을 검토할 때는 미리 영향을 확인하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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