15년째 제조업을 하는 법인입니다. 여러 사업부 가운데 부품 사업부를 떼어 내서 우리 회사가 주식 100%를 가지는 자회사로 세우는 물적분할을 검토하고 있습니다. 넘기는 공장 토지와 건물은 장부가보다 시가가 훨씬 높아 양도차익이 크게 생긴다고 들었습니다. 분할하면서 이 양도차익에 대한 법인세를 바로 내지 않을 수 있는지, 그렇다면 어떤 요건을 갖춰야 하는지 알고 싶습니다.
물적분할이 법이 정한 적격분할 요건을 갖추면, 분할법인이 받은 자회사 주식의 가액 중 자산 양도차익에 상당하는 금액을 분할등기일이 속하는 사업연도에 손금에 산입할 수 있습니다. 그만큼 법인세를 분할 시점에 내지 않고 미룰 수 있습니다. 다만 세금이 없어지는 것은 아니고, 나중에 주식이나 넘긴 자산을 처분하면 익금에 산입됩니다.
법인세법 제47조 제1항은 분할법인이 물적분할로 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 및 제3항에 따른 적격분할 요건을 갖춘 경우, 물적분할로 발생한 자산의 양도차익 상당액을 손금에 산입할 수 있다고 정합니다. 이때 분할대가는 전액이 주식등이어야 합니다.
제46조 제2항의 요건은 다음과 같습니다. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하고, 그 사업부문의 자산과 부채를 포괄적으로 승계하며, 분할법인만의 출자로 분할해야 합니다. 분할신설법인은 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속해야 합니다. 분할등기일 1개월 전 당시 그 사업부문 근로자 중 100분의 80 이상을 승계하고 그 사업연도 종료일까지 비율을 유지해야 합니다. 같은 조 제3항은 부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문 등 대통령령으로 정하는 사업부문의 분할은 적격분할로 보지 않습니다.
질문하신 법인은 15년째 사업을 해 왔으므로 기간 요건은 갖춘 상태입니다. 부품 사업부가 독립해 사업할 수 있는 단위인지, 공장 토지·건물과 관련 부채를 빠짐없이 넘기는지, 대가를 모두 자회사 주식으로 받는지, 근로자 승계 비율을 지킬 수 있는지를 확인해야 합니다.
과세를 미룬 뒤의 관리도 중요합니다. 제47조 제2항은 분할법인이 받은 주식을 처분하거나 자회사가 승계받은 자산을 처분하면 처분비율을 고려한 금액을 익금에 산입하고, 자회사는 처분 사실을 1개월 이내에 분할법인에 알리도록 정합니다. 제3항은 분할등기일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 안에 승계 사업을 폐지하거나, 분할법인의 지분이 100분의 50 미만이 되거나, 근로자 수가 분할 전 사업부문의 100분의 80 미만으로 줄면 남은 금액을 한꺼번에 익금에 산입한다고 정합니다.
제47조 제4항은 손금산입을 적용받으면 분할법인이 세무계산에서 익금이나 손금에 넣거나 넣지 않은 금액, 그 밖의 자산·부채와 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자회사에 승계하도록 정합니다. 제6항에 따라 분할로 발생한 자산 양도차익 명세서를 관할 세무서장에게 내야 합니다. 분할 전에 사업부문별 자산·부채 목록과 근로자 명부를 정리하고, 분할 뒤 지분과 고용 수준을 유지할 계획도 함께 세워 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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