저희 회사는 사업보고서와 감사보고서를 내는 회사인데, 예전 결산에서 매출을 실제보다 부풀려 보고서를 냈고 그 때문에 법인세도 더 냈습니다. 이후 회계 처리를 바로잡으면서 세무서에 경정청구를 했는데, 더 낸 세금을 바로 돌려주지 않고 앞으로 낼 법인세에서 몇 년에 걸쳐 나눠 빼 준다는 이야기를 들었습니다. 정말 그런 규정이 있는지, 회사가 해산하면 남은 금액은 어떻게 되는지 알고 싶습니다.
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그런 규정이 있습니다. 법인세법은 요건을 갖춘 사실과 다른 회계처리로 법인세를 과다하게 내고 경정청구로 경정을 받은 경우, 과다 납부한 세액을 환급하지 않고 경정일이 속하는 사업연도부터 각 사업연도 법인세액에서 공제하도록 정합니다. 각 사업연도에 공제하는 금액은 과다 납부한 세액의 100분의 20이 한도이고, 남은 금액은 다음 사업연도로 이월됩니다.
법인세법 제58조의3 제1항은 내국법인이 두 요건을 모두 충족하는 사실과 다른 회계처리를 한 경우에 이 방식을 적용합니다. 제1호는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 사업보고서와 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상할 것이고, 제2호는 내국법인, 감사인 또는 그 소속 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고·주의 등의 조치를 받을 것입니다. 같은 조 제2항은 경정일이 속하는 사업연도 이전에 같은 회계처리와 관련해 수정신고로 낼 세액이 있으면 그 세액에서 먼저 100분의 20 한도로 공제하도록 정합니다.
같은 조 제3항은 해산하는 경우를 따로 정합니다. 합병이나 분할로 해산하면 합병법인이나 분할신설법인이 남은 과다 납부 세액을 승계해 공제하고, 그 밖의 방법으로 해산하면 남은 과다 납부 세액에서 청산소득에 대한 법인세 납부세액을 빼고 남은 금액을 즉시 환급합니다.
질문하신 회사는 사업보고서와 감사보고서를 내면서 매출을 과다 계상했으므로 제1호에 해당합니다. 회사나 감사인 등이 제2호의 경고·주의 등의 조치를 받았다면 더 낸 세금은 현금 환급이 아니라 매년 100분의 20 한도의 세액공제로 돌려받게 됩니다. 그런 조치를 받지 않아 요건을 모두 갖추지 못했다면 이 특례는 적용되지 않습니다. 이 경우 국세기본법 제51조 제1항에 따라 초과 납부한 금액은 국세환급금으로 결정되고, 같은 조 제6항에 따라 충당하고 남은 금액은 결정한 날부터 30일 내에 지급됩니다. 같은 조 제2항은 체납된 국세 등이 있으면 국세환급금을 먼저 충당하도록 정하고 있습니다.
특례가 적용되면 해마다 과다 납부한 세액의 100분의 20까지만 빠지므로, 매년 낼 법인세가 충분하더라도 전액을 공제받는 데 최소 5개 사업연도가 걸립니다. 어느 해 법인세가 적어 다 공제하지 못한 금액도 이후 사업연도로 이월되어 계속 공제됩니다.
경고·주의 등의 조치를 받았는지는 공제 방식을 가르는 사실이므로 관련 통지 문서를 보관하세요. 경정 결과 통지서에 적힌 과다 납부 세액도 이후 몇 년간 공제액을 관리하는 기준이 됩니다. 이전 사업연도에 같은 회계처리와 관련해 수정신고로 낼 세액이 있었다면 그 세액에서도 같은 한도로 먼저 공제되므로, 수정신고 내역도 함께 정리해 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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