매입처별 세금계산서합계표를 내지 않은 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않습니다. 다만 받은 세금계산서에 대한 합계표를 경정청구서와 함께 제출해 세무서가 경정하는 경우 등에는 공제받을 수 있으므로, 지금이라도 바로잡을 수 있습니다. 부가가치세법 제54조 제1항은 세금계산서를 발급받은 사업자가 매입처별 세금계산서합계표를 예정신고나 확정신고 때 함께 제출하도록 정합니다. 같은 조 제2항은 전자세금계산서를 발급받고 그 발급명세가 공급시기가 속하는 과세기간 마지막 날의 다음 달 11일까지 국세청장에게 전송된 경우에는 합계표를 내지 않을 수 있다고 정합니다. 제39조 제1항 제1호는 합계표를 제출하지 않은 경우의 매입세액을 공제하지 않되, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제74조는 그 예외로, 발급받은 세금계산서에 대한 합계표를 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우, 경정청구서와 함께 제출해 경정기관이 경정하는 경우, 기한후과세표준신고서와 함께 제출해 세무서장이 결정하는 경우, 세무서가 경정할 때 세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 제출하는 경우 등을 정합니다. 질문자께서는 세금계산서 자체는 제대로 받았으므로 세금계산서를 받지 않았거나 필요적 기재사항이 잘못된 경우를 정한 제39조 제1항 제2호의 문제가 아니라, 합계표를 내지 않은 제1호의 문제입니다. 종이 세금계산서로 받은 매입분은 제54조 제2항의 전자 전송 예외에 해당하지 않아 합계표 제출이 필요했습니다. 확정신고는 기한 안에 했으므로, 빠진 매입세액을 반영하려면 경정청구서와 함께 매입처별 세금계산서합계표를 제출하는 방법이 있습니다. 경정기관이 이를 받아들여 경정하면 시행령 제74조 제2호에 따라 그 매입세액은 공제됩니다. 국세기본법 제45조의2 제1항은 이런 경정청구를 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있다고 정하고, 같은 조 제3항은 세무서장이 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 통지하도록 정합니다. 부가가치세법 시행령 제74조 제4호는 합계표에 거래처별 등록번호나 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우에도 발급받은 세금계산서로 거래사실이 확인되면 공제한다고 정하므로, 합계표를 작성할 때 세금계산서와 한 장씩 대조하시기 바랍니다. 또 부가가치세법 제54조 제3항은 예정신고 때 합계표를 내지 못한 사업자가 그 과세기간의 확정신고 때 함께 낼 수 있다고 정합니다. 세무서가 2개월 안에 통지하지 않으면 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 그 다음 날부터 이의신청이나 심판청구 등을 할 수 있습니다. 받은 종이 세금계산서 원본과 대금 지급 내역을 함께 보관해 두세요. 앞으로는 전자세금계산서로 받으면 합계표 제출 부담을 줄일 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.