피합병법인인 계열사의 결손금은 적격합병을 한 경우에 합병법인이 승계합니다. 그러나 승계한 결손금은 계열사로부터 승계받은 사업에서 생긴 소득 범위에서만 공제되므로, 질문하신 회사가 원래 하던 사업의 이익과 상계해 법인세를 줄일 수는 없습니다. 법인세법 제44조의3 제2항은 적격합병을 한 합병법인이 피합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 세무조정 사항, 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 정합니다. 제45조 제2항은 이렇게 승계한 결손금을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제한다고 정합니다. 같은 조 제5항은 이 공제를 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 100분의 80을 한도로 하되, 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인은 100분의 100을 한도로 합니다. 제113조 제3항은 결손금을 공제받으려는 합병법인이 공제받는 기간 동안 승계받은 사업과 그 밖의 사업의 자산·부채와 손익을 다른 회계로 구분해 기록하도록 합니다. 다만 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간 합병은 구분하지 않을 수 있고, 이때 승계사업 소득은 제45조 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분해 계산합니다. 질문하신 경우 결손금 승계 규정은 적격합병을 전제로 하므로, 먼저 이번 합병이 적격합병 요건을 갖추는지 확인해야 합니다. 요건을 갖추더라도 계열사의 결손금은 계열사가 하던 사업에서 합병 후 이익이 나야 그 범위에서 줄어듭니다. 그 사업이 계속 적자라면 승계한 결손금을 사실상 쓰지 못할 수 있습니다. 예를 들어 중소기업이 아닌 법인이 계열사 사업에서 합병 후 1억 원의 소득을 냈다면 승계 결손금은 그 100분의 80인 8천만 원까지만 공제됩니다. 반대로 제45조 제1항은 합병법인이 원래 가지고 있던 결손금도 승계받은 사업의 소득에서는 공제하지 않도록 정해, 두 회사의 결손금과 소득을 서로 섞어 쓰지 못하게 합니다. 같은 조 제4항은 승계한 감면이나 세액공제도 승계받은 사업의 소득금액이나 그에 해당하는 법인세액 범위에서 적용하도록 정합니다. 합병 뒤 관리도 중요합니다. 제44조의3 제3항은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 승계받은 사업을 폐지하거나, 피합병법인 주주가 받은 주식을 처분하거나, 근로자 수가 합병 전 두 회사 합계의 100분의 80 미만으로 줄면 공제한 결손금 등을 익금에 산입하도록 정합니다. 다만 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 예외입니다. 합병 전 두 회사의 결손금 내역과 사업별 손익 전망, 근로자 수 자료를 정리해 두시기 바랍니다. 합병 계약을 맺기 전에 적격합병 요건과 사후관리 기간, 구분경리 방법을 함께 검토해 두면 나중에 공제가 취소되는 일을 줄일 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.