통합투자세액공제 받은 설비 1년 만에 매각, 공제받은 세액을 다시 내나요?

Q

중소 제조업 법인을 운영하고 있습니다. 1년 전쯤 새 생산설비를 2억 원에 들여 통합투자세액공제를 받고 법인세를 줄였습니다. 그런데 주문 물량이 줄어 그 설비를 다른 회사에 팔기로 했습니다. 이렇게 설비를 팔면 공제받은 법인세를 다시 내야 하는지, 이자 같은 것도 붙는지, 낸다면 언제 내야 하는지 알고 싶습니다.

A
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통합투자세액공제를 받은 설비를 투자완료일부터 2년이 지나기 전에 팔면, 공제받은 세액에 해당하는 금액과 이자 상당 가산액을 더해 법인세로 다시 내야 합니다. 이 금액은 설비를 판 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준을 신고할 때 함께 냅니다. 조세특례제한법 제24조 제1항은 기계장치 등 사업용 유형자산에 투자한 내국인에게 투자금액에 정해진 비율을 곱한 금액을 법인세 등에서 공제하는 통합투자세액공제를 정합니다. 같은 법 제146조는 제24조 등에 따라 세액을 공제받은 자가 투자완료일부터 2년(대통령령으로 정하는 건물과 구축물은 5년)이 지나기 전에 그 자산을 처분하면, 처분한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 그 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 이자 상당 가산액을 더해 납부하도록 정합니다. 여기의 처분에는 임대하는 경우도 포함되고, 이 세액은 법인세법에 따라 납부해야 할 세액으로 봅니다. 조세특례제한법 시행령 제137조 제1항은 추징하지 않는 경우로 현물출자, 합병, 분할, 분할합병, 법인세법에 따른 교환, 통합, 사업전환 또는 사업의 승계로 소유권이 이전되는 경우, 내용연수가 지난 자산을 처분하는 경우, 국가·지방자치단체 또는 법령이 정한 학교 등에 기부하고 그 자산을 사용하는 경우를 정합니다. 이런 사유라면 2년이 지나기 전에 소유권이 넘어가더라도 제146조에 따른 납부 대상이 아닙니다. 기간의 기준은 설비를 계약한 날이나 대금을 치른 날이 아니라 투자완료일입니다. 같은 법 제24조 제2항은 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지면 과세연도마다 그 해 투자한 금액에 공제를 적용한다고 정하므로, 여러 해에 걸쳐 들인 설비라면 공제받은 연도와 금액을 나눠 확인해 두어야 합니다. 납부할 금액은 처분한 그 자산에 대한 세액공제액 상당액이 기준이 되므로, 여러 설비 중 일부만 판다면 판 설비에 해당하는 공제액을 따로 계산해야 합니다. 질문하신 경우 설비를 들인 지 1년 정도라면 투자완료일부터 2년이 지나지 않았고, 다른 회사에 파는 것은 자산의 처분입니다. 합병이나 사업 승계처럼 시행령이 정한 사유로 넘어가는 것이 아니고 내용연수가 지난 것도 아니라면, 공제받은 세액 상당액과 이자 상당 가산액을 내야 합니다. 설비를 팔지 않고 다른 회사에 빌려주는 것도 제146조의 처분에 포함되므로 같은 결과가 됩니다. 또 같은 법 제24조 제3항은 공제받은 자산을 투자완료일부터 5년 이내의 대통령령으로 정하는 기간에 다른 목적으로 전용해도 공제액 상당액과 이자 상당 가산액을 내도록 정합니다. 투자완료일과 매각일을 확인할 수 있는 계약서, 세금계산서, 설비 설치 확인 자료를 보관해 두세요. 매각 시점을 조정할 여지가 있다면 투자완료일부터 2년이 언제 지나는지 먼저 따져 보시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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