부가가치세가 과세되는 문구와 면세되는 도서를 함께 파는 사업자는 과세되는 공급과 면세되는 공급을 각각 구분하여 장부에 기록해야 합니다. 월세나 전기요금처럼 어느 쪽에 쓰였는지 나눌 수 없는 비용의 매입세액은 공급가액 비율 등으로 나눈 뒤, 면세 몫은 공제받지 못합니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제8호는 도서(도서대여와 실내 도서열람 용역 포함), 신문, 잡지 등의 공급을 면세로 정하되 광고는 제외합니다. 같은 법 제71조 제2항은 과세되는 재화의 공급과 함께 면세되는 재화를 공급하는 사업자에게 과세되는 공급과 면세되는 공급을 각각 구분하여 장부에 기록하도록 정합니다. 같은 조 제3항은 이 장부와 세금계산서·영수증을 확정신고 기한 후 5년간 보존하도록 정합니다. 매입 쪽 규정도 함께 보셔야 합니다. 제39조 제1항 제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는다고 정합니다. 제40조는 겸영 사업자의 매입세액을 실지귀속에 따라 계산하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 안분하도록 정합니다. 질문하신 경우 앞으로는 판매 기록부터 도서 매출과 문구·선물용품 매출이 나뉘도록 적으셔야 합니다. 계산대 판매 기록에 품목 구분을 두면 장부 정리가 쉬워집니다. 문구와 선물용품을 사면서 받은 세금계산서의 매입세액은 공제 대상입니다. 다만 제39조 제1항 제2호에 따라 세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 빠지거나 사실과 다르게 적힌 경우에는 공제되지 않으니 매입 때마다 확인하세요. 반면 도서 판매에만 쓰인 비용의 매입세액은 공제되지 않습니다. 월세와 전기요금처럼 가게 전체에 쓰는 비용은 공통매입세액이므로, 해당 과세기간의 총공급가액 중 도서 매출이 차지하는 비율만큼은 공제받지 못합니다. 예를 들어 면세공급가액 비율로 나누는 경우 한 과세기간 매출 중 도서 매출이 70퍼센트라면 공통매입세액의 70퍼센트는 공제되지 않습니다. 다만 같은 법 시행령 제81조 제2항은 면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만인 경우(공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외)나 공통매입세액이 5만원 미만인 경우에는 전액 공제되는 매입세액으로 정합니다. 서점은 도서 매출 비중이 큰 경우가 많아 이 예외에 해당하기는 쉽지 않을 수 있습니다. 제71조 제4항은 소득세법에 따른 장부기록의무를 이행하면 제1항의 장부기록의무를 이행한 것으로 봅니다. 그래도 제2항의 구분 기록은 따로 정해진 의무이므로, 소득세 장부에서도 과세 매출과 면세 매출이 드러나도록 적으세요. 매출과 매입 자료는 과세기간별로 나눠 5년간 보관하시기 바랍니다. 제3항 단서에 따라 전자세금계산서를 발급하고 그 발급명세를 국세청장에게 전송한 경우에는 그 세금계산서의 보존 의무가 면제되지만, 장부는 따로 보존해야 합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.