제조업으로 회사를 차려 창업중소기업 세액감면을 받고 있는데, 창업 2년 차에 벤처기업 확인을 받았습니다. 벤처기업으로 확인받으면 따로 세액감면이 있다고 들었습니다. 지금 받는 창업감면에 더해 벤처 감면까지 함께 받을 수 있는지, 창업감면을 받지 못하는 회사라면 벤처 감면은 어떻게 되는지 알고 싶습니다.
같은 사업에서 이미 창업중소기업 세액감면을 받고 있다면, 벤처기업 확인을 받았다고 해서 창업벤처중소기업 감면을 겹쳐 받을 수는 없습니다. 반대로 창업중소기업 감면을 받지 않는 회사라면 요건을 갖춰 벤처 감면을 받을 수 있습니다. 어느 쪽이 적용되는지는 창업중소기업 감면을 받는지가 먼저 가릅니다.
조세특례제한법 제6조 제2항은 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 법이 정한 적용기한까지 벤처기업으로 확인받은 기업을 창업벤처중소기업이라 하고, 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 그 사업에서 생긴 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50을 감면합니다. 다만 같은 항 단서는 제1항을 적용받는 경우는 제외한다고 정합니다. 제1항은 창업중소기업 세액감면이므로, 두 감면은 한 사업에 함께 적용되지 않습니다.
같은 조 제2항 단서는 감면기간 중 벤처기업 확인이 취소되면 취소일, 벤처기업확인서 유효기간이 만료되면 그 만료일(과세연도 종료일 현재 재확인받은 경우는 제외)이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않습니다. 제3항은 감면 대상 업종을 정하는데 제조업이 포함되어 있습니다. 제12항은 감면을 받으려면 세액감면신청을 하도록 하고, 제13항은 각 과세연도에 제1항, 제2항 등에 따라 감면받는 세액의 합계가 5억원을 넘으면 넘는 부분은 감면하지 않는다고 정합니다.
질문하신 회사는 창업중소기업 감면을 받고 있으므로 제2항 단서에 따라 벤처 감면이 더해지지 않습니다. 창업중소기업 감면율은 제1항 제1호가 창업 시기, 창업 지역, 청년 여부에 따라 나누어 정하고, 그 구분에 해당하지 않으면 제1항 감면을 받지 못합니다. 이처럼 제1항을 적용받지 않는 회사가 창업 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받았다면 제2항에 따라 50퍼센트 감면을 받을 수 있습니다. 창업 후 3년이 지나 확인을 받았다면 제2항의 요건에 맞지 않습니다. 이때 감면기간은 창업일이 아니라 벤처기업으로 확인받은 날 이후 최초로 소득이 생긴 과세연도부터 셉니다. 또 같은 조 제10항은 합병·분할·사업 양수 등으로 종전 사업을 승계해 같은 종류의 사업을 하는 경우, 개인사업을 법인으로 전환한 경우, 폐업 후 같은 종류의 사업을 다시 시작한 경우, 사업 확장이나 업종 추가처럼 새 사업을 처음 시작한 것으로 보기 어려운 경우를 창업으로 보지 않으므로, 이런 사정이 있으면 두 감면 모두 받을 수 없습니다.
벤처기업확인서의 유효기간을 관리하지 않으면 감면이 중간에 끊길 수 있으니 만료 전에 재확인 일정을 챙기세요. 확인서와 감면신청 서류, 해마다의 감면 내역을 함께 보관하시기 바랍니다. 감면 대상 업종인지도 사업자등록상 업종과 실제 사업 내용을 함께 놓고 확인하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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