수출업체에 원자재를 납품하는 제조업을 하고 있습니다. 납품하면서 부가가치세 10%를 붙여 세금계산서를 발급했는데, 그 뒤에 거래처가 내국신용장을 개설해 주면서 영세율로 바꿔서 다시 끊어 달라고 합니다. 이미 발급한 세금계산서를 이렇게 고칠 수 있는지, 내국신용장이 언제까지 개설되어야 하는지 알고 싶습니다.
납품한 뒤에 내국신용장이 개설되었더라도, 납품한 날이 속하는 과세기간이 끝난 뒤 25일 이내에 개설되었다면 수정세금계산서를 발급해 영세율로 고칠 수 있습니다. 처음 발급한 10% 세금계산서를 없애는 분과 영세율 분을 함께 발급하는 방식입니다. 그래서 먼저 내국신용장의 개설일이 이 기한 안에 들어오는지 확인하셔야 합니다.
부가가치세법 제32조 제7항은 세금계산서를 발급한 뒤 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 생기면 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제70조 제1항 제4호는 재화나 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우를 그 사유로 들고 있습니다. 25일째 되는 날이 법에서 정한 휴일 등에 해당하면 바로 다음 영업일까지로 봅니다. 이 규정은 내국신용장뿐 아니라 구매확인서가 나중에 발급된 경우에도 똑같은 기한과 방법으로 적용됩니다.
같은 호는 발급 방법도 정합니다. 작성일은 처음 세금계산서의 작성일을 그대로 적고, 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적습니다. 영세율 적용분은 검은색 글씨로 발급하고, 처음 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨나 음(陰)의 표시를 한 세금계산서를 한 장 더 발급합니다.
부가가치세법 제5조 제1항은 일반과세자의 과세기간을 1월 1일부터 6월 30일까지(제1기), 7월 1일부터 12월 31일까지(제2기)로 나눕니다. 예를 들어 제1기 중인 3월에 납품했다면 6월 30일이 지난 뒤 25일 안에 내국신용장이 개설되었는지를 봅니다. 7월 중순에 개설되었다면 기한 안이고, 8월에 개설되었다면 기한을 넘긴 것입니다. 제2기 중에 납품했다면 12월 31일이 지난 뒤 25일 안인지를 보면 됩니다. 질문하신 거래가 이 기한 안이라면, 처음 10% 세금계산서를 음의 표시로 상쇄하는 세금계산서와 영세율 세금계산서를 함께 발급하면 됩니다. 새 날짜가 아니라 처음 작성일을 적는다는 점을 놓치지 마세요.
반대로 개설일이 이 기한을 넘겼다면 시행령 제70조 제1항 제4호의 수정 발급 사유에는 해당하지 않습니다. 이때 이미 발급한 10% 세금계산서를 어떻게 처리할지는 따로 검토가 필요합니다.
내국신용장 사본처럼 개설일이 나타난 서류와 거래명세서, 인수증 같은 납품 증빙을 함께 보관하세요. 거래처와 이미 주고받은 부가가치세 금액을 어떻게 정산할지도 수정 발급 전에 미리 맞춰 두시는 것이 좋습니다. 거래처도 받은 세금계산서를 기준으로 매입세액을 처리하므로, 수정 발급을 했다는 사실과 날짜를 거래처에 함께 알려 주세요. 시행령은 내국신용장 등이 개설된 때에 수정분을 발급하도록 정하고 있으므로, 개설 사실을 확인하면 미루지 말고 바로 발급하시고 개설일이 적힌 서류는 거래처에 요청해 받아 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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