직전 과세기간의 사업장별 총수입금액이 3억원 미만이거나 그 과세기간에 새로 사업을 시작한 사업자라면, 전자계산서를 발급하고 그 발급명세를 국세청장에게 전송한 건수에 따라 종합소득세를 공제받을 수 있습니다. 공제액은 발급 건수당 200원이고 연간 100만원이 한도입니다. 이 공제는 법이 정한 적용기한까지 발급한 분에 적용됩니다. 소득세법 제56조의3 제1항은 대통령령으로 정하는 사업자가 같은 법 제163조 제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하고 그 발급명세를 국세청장에게 전송하는 경우, 대통령령으로 정하는 금액을 해당 과세기간의 사업소득에 대한 종합소득산출세액에서 공제할 수 있다고 정하고, 공제한도를 연간 100만원으로 정합니다. 같은 법 시행령 제116조의4 제1항은 그 사업자를 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자와 직전 과세기간의 사업장별 총수입금액이 3억원 미만인 사업자로 정하고, 제2항은 공제 금액을 전자계산서 발급 건수당 200원을 곱한 금액으로 정합니다. 소득세법 제163조 제8항은 전자계산서를 발급하면 대통령령으로 정하는 기한까지 발급명세를 국세청장에게 전송하도록 정하고, 제9항은 전자계산서 발급 의무가 없는 사업자도 전자계산서를 발급하고 발급명세를 전송할 수 있다고 정합니다. 제56조의3 제2항은 이 공제를 받으려면 종합소득세 과세표준확정신고를 할 때 전자계산서 발급 세액공제신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 질문하신 서점의 직전 과세기간 총수입금액이 3억원 미만이라면 공제 대상 사업자에 해당합니다. 예를 들어 한 해 동안 전자계산서 300건을 발급하고 전송했다면 300건에 200원을 곱한 6만원이 공제 금액이 됩니다. 5,000건을 발급·전송했다면 100만원이 되어 한도에 이르고, 그보다 많이 발급해도 한 해 공제액은 100만원을 넘지 않습니다. 직전 과세기간 총수입금액은 사업장별로 따지므로 사업장이 여러 곳이라면 각각 확인해야 하고, 새로 사업을 시작한 해에는 직전 수입금액과 관계없이 대상이 됩니다. 공제는 해당 과세기간의 사업소득에 대한 종합소득산출세액에서 빼는 방식입니다. 발급 의무가 있는 사업자인지와 관계없이 제163조 제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하고 전송했다면 대상이 될 수 있습니다. 공제는 발급명세를 국세청장에게 전송한 건으로 한정되므로, 발급만 하고 전송이 빠진 건은 세어지지 않습니다. 발급 건수와 전송 여부를 과세기간별로 확인해 두세요. 종합소득세 신고 때 세액공제신고서를 함께 내야 공제가 반영되니 신고 전에 빠뜨리지 않았는지 살펴보시기 바랍니다. 법이 정한 적용기한이 지난 뒤 발급한 분에는 이 공제가 적용되지 않으므로 신고하는 해의 현행 규정을 다시 확인하시고, 발급 시스템의 전송 완료 내역도 출력해 보관해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.