연결납세 포기, 자회사 지분을 팔면 다시 신청은 언제 가능한가요?

Q

모회사로서 지분 전부를 가진 자회사와 몇 년째 연결납세를 해 왔습니다. 이번에 자회사 지분 일부를 다른 투자자에게 팔게 되어 연결납세를 그만두려고 합니다. 그만두려면 언제까지 무엇을 해야 하는지, 나중에 다시 연결납세를 신청할 수 있는 시기는 언제인지 알고 싶습니다.

A
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지분을 판 뒤에도 자회사 주식을 100분의 90 이상 가지고 있다면, 연결납세를 그만두려면 포기 신고를 해야 합니다. 연결납세를 적용하지 않으려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 신고해야 하고, 최초 적용 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 연결사업연도까지는 포기할 수 없습니다. 지분이 100분의 90 미만으로 떨어지면 포기 신고와 관계없이 그 자회사는 연결납세에서 빠집니다. 포기한 뒤에는 일정 기간 같은 모회사로 다시 연결납세를 적용받을 수 없습니다. 법인세법 제2조 제10호의2는 연결지배를 내국법인이 다른 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 90 이상을 보유하고 있는 경우로 정하고, 의결권 없는 주식은 포함하며 자기주식은 제외하는 등 계산 방법을 정합니다. 제76조의10 제1항은 포기하려는 연결법인이 적용하지 않으려는 사업연도 개시일 전 3개월이 되는 날까지 연결모법인의 납세지 관할지방국세청장에게 신고하도록 하고, 앞의 4년 기간 제한을 둡니다. 같은 조 제2항은 포기하는 경우 제76조의9 제3항을 준용하면서, 취소된 날이 속하는 사업연도를 연결납세방식이 적용되지 아니하는 최초의 사업연도로 봅니다. 제76조의9 제3항은 그 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 연결납세방식의 적용 당시와 동일한 법인을 연결모법인으로 하여 연결납세방식을 적용받을 수 없다고 정합니다. 제76조의12 제1항은 연결모법인의 연결지배를 받지 않게 된 연결자법인은 그 사유가 생긴 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않는다고 정하고, 제4항은 변경 사유가 생긴 날부터 1개월 이내에 신고하도록 합니다. 먼저 매각 뒤 지분율을 계산해 보세요. 지분율은 의결권 없는 주식을 포함하고 자기주식은 빼는 방식으로 계산하므로, 자회사가 자기주식을 가지고 있다면 그 부분을 빼고 다시 계산해야 합니다. 100분의 90 이상이 남으면 포기 신고 기한과 최초 적용 후 4년 제한을 따져야 하고, 포기하면 연결납세가 적용되지 않는 첫 사업연도와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 안에 끝나는 사업연도까지는 같은 모회사로 다시 신청할 수 없습니다. 100분의 90 미만이 되면 제76조의12 제1항에 따라 매각한 날이 속하는 연결사업연도의 처음부터 연결납세에서 빠지고, 1개월 이내 신고가 필요합니다. 이 경우에도 같은 조 제3항이 제76조의9 제3항을 준용하므로 바로 다시 연결하는 데 제한이 있습니다. 매각 계약일과 사업연도 개시일의 관계가 신고 기한을 좌우하므로 계약 일정을 정하기 전에 따져 보세요. 연결납세를 그만둘 때 생기는 결손금과 소득금액 정산 문제도 함께 검토하는 것이 좋습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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