원천징수의무자가 원천징수를 하지 않았더라도, 직원이 직접 신고·납부한 과세표준에 그 급여가 이미 들어가 있다면 세무서는 사업주에게서 가산세만 징수하도록 정해져 있습니다. 따라서 직원의 신고에 그 급여가 실제로 포함된 사실이 확인되면 질문자는 세금 본세는 내지 않고 가산세만 부담하게 됩니다. 확인되지 않으면 원칙대로 세금과 가산세를 함께 내야 합니다. 소득세법 제85조 제3항 본문은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 않았거나 미달하게 납부한 경우, 납세지 관할 세무서장이 그 징수하여야 할 세액에 가산세액을 더한 금액을 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다고 정합니다. 같은 항 단서는 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 중 하나에 해당하면 가산세액만 징수한다고 정합니다. 제1호는 납세의무자가 신고·납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우입니다. 제2호는 그 소득금액에 대해 납세의무자의 관할 세무서장이 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우입니다. 질문하신 경우 마지막 급여에서 근로소득세를 아예 떼지 않았으므로 단서의 원천징수를 하지 아니한 경우에 해당합니다. 직원이 퇴사 후 종합소득세를 신고하면서 그 급여를 과세표준에 넣어 신고·납부했다면 제1호에 해당하므로, 세무서는 질문자에게서 가산세만 징수해야 합니다. 반대로 직원의 신고에 그 급여가 빠져 있다면 단서가 적용되지 않아 본문대로 세금과 가산세를 함께 징수당하게 됩니다. 아직 직원이 신고하지 않았더라도 세무서가 직원에게 직접 소득세를 부과·징수하기로 한다면 제2호에 따라 역시 가산세만 남습니다. 단서는 원천징수를 하지 아니한 경우에 관한 규정이라는 점도 구별하셔야 합니다. 급여에서 세금을 떼어 놓고도 기한까지 납부하지 않은 경우에는 단서가 아니라 본문이 적용되어, 직원이 따로 신고했는지와 관계없이 징수하여야 할 세액과 가산세를 함께 내야 합니다. 질문자는 세금을 전혀 떼지 않았으므로 단서를 검토할 수 있는 상황입니다. 직원에게서 말로 들은 것만으로는 세무서가 판단하기 어렵습니다. 고지 내용에 대해 세무서에 연락할 때 직원이 그 급여를 포함해 종합소득세를 신고·납부했다는 사정을 알리고, 직원의 동의를 받아 신고 내역처럼 그 급여가 포함된 사실을 보여 주는 자료를 함께 내는 방법을 검토하세요. 단서가 적용되더라도 가산세는 남는다는 점을 기억하세요. 마지막 급여의 지급일과 금액, 급여대장, 직원과 주고받은 연락 내용도 보관해 두시면 사실관계를 설명할 때 도움이 됩니다. 세무서 고지서를 받았다면 적힌 납부기한도 함께 확인하세요. 앞으로는 급여를 지급할 때 원천징수가 빠지지 않도록 급여 처리 절차를 점검해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.