네, 나눠서 기록해야 합니다. 조세특례제한법은 세액감면을 받는 사업과 그 밖의 사업을 함께 하는 경우 사업별로 구분하여 경리하도록 정하고 있습니다. 창업중소기업 감면은 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 세액에 적용되므로, 장부가 섞여 있으면 감면 대상 소득을 가려내기 어렵습니다. 조세특례제한법 제143조 제1항은 내국인이 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상이면 각각의 사업)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제136조는 이 구분경리에 관하여 법인세법 제113조를 준용하고, 감면사업의 사업별 소득금액 계산 방법도 따로 정합니다. 법인세법 제113조는 자산·부채 및 손익을 각 사업에 속하는 것으로 나누어 각각 다른 회계로 구분하여 기록하는 방식을 정하고 있습니다. 조세특례제한법 제6조 제1항은 창업중소기업 감면을 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 적용한다고 정합니다. 질문하신 경우 감면을 받는 음식점업과 감면 대상이 아닌 다른 업종을 함께 하므로 제143조 제1항의 겸영에 해당합니다. 지금부터라도 매출과 비용을 사업별로 나누어 기록하고, 이미 섞어 적은 부분은 거래 내역을 사업별로 다시 분류해 두는 것이 좋습니다. 새 업종을 다른 사업장에서 한다면 소득세법 제160조 제5항도 볼 필요가 있습니다. 이 조항은 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 사업장별로 감면을 달리 적용받는 경우 사업장별 거래 내용이 구분될 수 있도록 장부에 기록하도록 정합니다. 새 사업에서 손해가 나는 경우도 정해져 있습니다. 제143조 제3항은 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우, 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다고 정합니다. 즉 다른 사업의 결손금이 감면대상사업의 소득금액 계산에 영향을 줄 수 있으므로, 사업별 손익을 정확히 나눠 두어야 감면세액도 바르게 계산됩니다. 장부에 관한 기본 의무도 함께 보셔야 합니다. 소득세법 제160조 제1항은 사업자가 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖추고 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하도록 정하고, 제2항은 대통령령으로 정하는 일정 규모 미만의 사업자가 간편장부를 갖추어 성실히 기재하면 장부를 비치·기록한 것으로 본다고 정합니다. 어느 방식이든 두 사업의 거래가 나뉘어 보이도록 기록해 두어야 구분경리 의무를 지키기 쉽습니다. 새 업종이 정말 감면 대상이 아닌지는 업종 기준으로 한 번 더 확인하세요. 사업별 매출 증빙과 비용 영수증을 따로 묶어 보관하시면 신고 때 구분이 훨씬 쉬워집니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.