제조업 법인을 창업해 창업중소기업 세액감면을 받고 있고, 감면기간이 2년 정도 남았습니다. 그런데 중소기업이 아닌 회사와 합병하기로 했고, 합병 뒤에는 저희 법인이 중소기업에 해당하지 않게 된다고 합니다. 이 경우 남은 기간에도 감면을 계속 받을 수 있는지, 감면이 끊긴다면 언제부터인지 알고 싶습니다.
로시컴 세무정보 LAWSEE.COM
남은 감면기간에 감면을 계속 받기는 어렵습니다. 조세특례제한법은 감면을 받던 기업이 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 되면, 그 사유가 생긴 날이 속하는 과세연도부터 감면하지 않는다고 정합니다. 규모가 커져 중소기업에서 벗어나는 경우와 달리 이런 합병에는 유예기간도 적용되지 않습니다.
조세특례제한법 제6조 제1항은 창업중소기업에 대해 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 정해진 비율만큼 감면한다고 정합니다. 같은 조 제11항은 제1항 등에 따라 감면을 적용받은 기업이 중소기업기본법에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다고 정합니다.
같은 법 시행령 제5조 제24항은 이 사유를 시행령 제2조 제2항 각 호의 사유로 정하고, 제2조 제2항 제1호는 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우를 듭니다. 제2조 제2항 본문은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 때에는 일정 기간 중소기업으로 보는 유예기간을 두지만, 단서는 각 호의 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 유예기간을 적용하지 않는다고 정합니다. 각 호에는 이 밖에도 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우, 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 등이 들어 있습니다.
질문하신 경우 합병 상대 회사가 중소기업기본법에 따른 중소기업이 아니고 합병으로 질문자의 법인이 중소기업에 해당하지 않게 된다면 제6조 제11항의 사유에 해당합니다. 그러면 그 사유가 생긴 날이 속하는 과세연도부터는 남은 감면기간이 있더라도 감면을 받을 수 없습니다. 질문자처럼 감면기간이 2년 정도 남아 있어도, 그 남은 과세연도가 모두 감면 대상에서 빠지게 됩니다. 조문은 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 않는다고 정하고 있으므로, 합병 시점이 어느 과세연도에 속하는지가 감면이 끊기는 시점을 정합니다.
같은 조 제12항은 감면을 적용받으려는 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하도록 정하고 있습니다. 합병 뒤 법인세를 신고할 때는 감면이 끊긴 과세연도에 감면을 신청하지 않도록 신고 내용을 이 기준에 맞춰 정리해야 합니다. 합병 일정을 정하기 전에 감면이 끊기는 과세연도와 그 세액 영향을 미리 계산해 보세요. 합병 상대 회사가 중소기업인지 판단할 수 있는 매출액과 자산총액 자료, 합병 계약서와 등기 서류를 함께 보관해 두시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
이 사례로 세무사에게 상담하기