카페 매장 세 곳을 운영하고 있고 매장마다 사업자등록을 따로 해 두었습니다. 신고와 관리를 한곳에서 하려고 사업자 단위 과세로 바꾸려는데, 그렇게 하면 매장마다 등록번호가 따로 유지되는지, 하나로 합쳐지는지 궁금합니다. 또 거래처에 세금계산서를 발급할 때 어느 번호를 적어야 하는지도 알고 싶습니다.
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사업자 단위로 등록하면 사업자 단위 과세가 적용되는 사업장에 한 개의 등록번호가 부여됩니다. 매장마다 따로 받던 등록번호 대신 하나의 등록번호를 쓰게 되고, 세금계산서의 공급하는 사업자 등록번호란에도 그 번호를 적습니다. 부가가치세 신고와 납부도 본점이나 주사무소를 기준으로 하게 됩니다. 다만 사업자 단위 과세로 바꾸려면 정해진 기한 안에 변경등록을 신청해야 합니다.
부가가치세법 제8조 제3항은 사업장이 둘 이상인 사업자가 사업자 단위로 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있고, 이렇게 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라고 정합니다. 같은 조 제4항은 사업장 단위로 등록한 사업자가 사업자 단위 과세 사업자로 바꾸려면 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하도록 정합니다. 부가가치세법 시행령 제12조 제1항은 등록번호를 사업장마다 부여하되, 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다고 정합니다. 제6조 제1항은 부가가치세 납세지를 원칙적으로 각 사업장 소재지로 정하지만, 제4항은 사업자 단위 과세 사업자의 납세지를 각 사업장 대신 본점 또는 주사무소 소재지로 정하고, 제32조 제1항 제1호는 세금계산서에 공급하는 사업자의 등록번호를 적도록 정합니다.
질문하신 경우 매장 세 곳을 사업자 단위 과세로 바꾸면, 세 매장에 대해 사업자 단위로 하나의 등록번호가 부여됩니다. 거래처에 세금계산서를 발급할 때도 매장별 옛 번호가 아니라 사업자 단위로 부여된 그 번호를 공급자 등록번호로 적게 됩니다. 신고와 납부는 본점이나 주사무소 소재지를 납세지로 하여 한 번에 하게 됩니다. 변경등록은 적용받으려는 과세기간이 시작되기 20일 전까지 신청해야 하므로, 원하는 과세기간에 맞춰 기한 안에 신청하세요.
제8조 제5항은 사업장이 하나인 사업자가 추가로 사업장을 열면서 그 사업 개시일이 속하는 과세기간부터 사업자 단위 과세를 적용받으려면 추가 사업장의 사업 개시일부터 20일 이내에 변경등록을 신청하도록 정하고 있으니, 앞으로 매장을 늘릴 때도 참고하세요. 변경 전후로 거래처에 새 등록번호를 미리 알리고, 전자세금계산서 발급 설정과 카드 단말기 등록 정보도 함께 바꿔 두세요. 변경등록을 신청할 때는 세 매장의 소재지와 본점이 될 매장을 분명히 정리해 두시기 바랍니다. 등록번호가 바뀌는 시점 전후의 세금계산서가 섞이지 않도록 발급 내역도 기간별로 나눠 보관하는 것이 좋습니다. 변경등록을 하면 제8조 제7항에 따라 등록번호가 부여된 사업자등록증이 발급되므로, 새 등록증 사본을 각 매장에도 비치해 두면 거래처 문의에 바로 답할 수 있습니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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