전 직장 소득을 포함해 공제신고서를 낸 직원은 회사가 두 근무지 소득을 합쳐서 연말정산해야 합니다. 이는 회사가 고를 수 있는 일이 아니라 법이 정한 원천징수 방법입니다. 전 직장 소득을 포함해 신고하지 않은 직원은 이 합산 규정이 적용되지 않으므로, 회사가 지급한 급여를 기준으로 정산하게 됩니다. 소득세법 제138조 제1항은 과세기간 중도에 퇴직하고 새 근무지에 취직한 근로소득자가 종전 근무지에서 그해 1월부터 퇴직한 달까지 받은 근로소득을 포함하여 제140조 제1항의 근로소득자 소득·세액 공제신고서를 제출하면, 원천징수의무자가 종전 근무지와 새 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 제137조에 따라 소득세를 원천징수한다고 정합니다. 제137조 제1항은 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때 종합소득공제를 적용해 산출세액을 계산하고, 그 과세기간에 원천징수한 세액과 각종 세액공제를 빼서 정산하도록 정합니다. 원천징수영수증을 함께 낸 직원은 제138조 제1항에 해당합니다. 전 직장 급여와 회사 급여를 더해 산출세액을 계산하고, 전 직장과 회사에서 그해 원천징수한 세액을 빼서 추가로 낼 세액이나 돌려줄 세액을 정하면 됩니다. 계산 결과 추가 납부세액이 10만원을 넘으면 제137조 제4항에 따라 다음 연도 2월분부터 4월분 근로소득을 지급할 때까지 나누어 원천징수할 수 있습니다. 반대로 전 직장과 회사에서 이미 원천징수한 세액과 세액공제의 합계가 산출세액보다 많으면, 같은 조 제2항에 따라 그 초과액을 직원에게 환급해야 합니다. 실무에서는 먼저 직원이 가져온 영수증의 근무 기간이 그해 1월부터 퇴직한 달까지로 적혀 있는지, 급여 총액과 이미 원천징수된 소득세가 얼마인지 확인하세요. 예를 들어 전 직장에서 일한 기간이 일부만 적혀 있거나 영수증이 여러 장이라면 빠진 근무지가 없는지 직원에게 물어보고, 모든 근무지 소득을 포함해 신고하도록 안내하는 것이 좋습니다. 영수증 내용에 이상한 부분이 보이면 직원이 전 직장에 직접 확인해 바른 영수증을 받아 오도록 안내하세요. 영수증을 내지 않은 직원은 전 직장 소득을 포함한 신고가 없으므로 회사 급여만으로 정산하게 됩니다. 다만 이렇게 되면 두 근무지 소득을 합친 정산은 이루어지지 않은 상태로 남습니다. 제140조 제1항은 공제신고서를 다음 연도 2월분 근로소득을 받기 전에 제출하도록 정하므로, 그 전에 전 직장 원천징수영수증을 받아 내도록 직원에게 안내하세요. 합산하지 못한 경우 그 뒤의 처리는 직원 본인이 확인해야 한다는 점도 함께 알려 주는 것이 좋습니다. 공제신고서 자체를 내지 않은 직원도 주의해야 합니다. 제137조 제3항은 이 신고를 하지 않은 근로소득자를 정산할 때 기본공제 중 본인에 대한 분과 표준세액공제만 적용한다고 정합니다. 직원별로 공제신고서와 전 근무지 원천징수영수증을 받은 날짜를 기록해 두고, 받은 서류는 정산 자료와 함께 보관하세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.