네, 그렇게 정산하는 것이 법이 정한 방식입니다. 근로자가 공제신고서를 내지 않으면 회사는 기본공제 중 본인에 대한 분과 표준세액공제만 적용해 연말정산을 합니다. 빠진 공제는 직원이 나중에 종합소득세 확정신고나 경정청구로 직접 챙길 수 있습니다. 소득세법 제140조 제1항은 연말정산 때 종합소득공제와 세액공제를 적용받으려는 근로소득자가 다음 연도 2월분 근로소득을 받기 전(퇴직한 경우에는 퇴직한 달의 근로소득을 받기 전)에 원천징수의무자에게 근로소득자 소득·세액 공제신고서를 제출하도록 정합니다. 같은 법 제137조 제1항 제1호는 연말정산 때 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하도록 하고, 제3항은 제140조에 따른 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대해서는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만을 적용한다고 정합니다. 질문하신 경우 직원이 기한까지 신고서를 내지 않았으므로 회사는 제137조 제3항에 따라 본인 기본공제와 표준세액공제만 넣어 정산하면 됩니다. 회사가 부양가족 공제나 보험료·의료비 공제를 대신 찾아 넣을 의무는 없고, 신고서 없이 넣으면 오히려 공제가 잘못 적용될 수 있습니다. 정산 결과 추가 납부세액이 생기면 2월분 급여에서 원천징수하고, 같은 조 제4항에 따라 그 금액이 10만원을 넘으면 2월분부터 4월분 급여까지 나누어 원천징수할 수 있습니다. 직원이 직접 공제를 받는 길도 있습니다. 소득세법 제70조 제1항은 종합소득금액이 있는 거주자가 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 하도록 정하고, 제73조 제1항 제1호는 근로소득만 있는 사람은 확정신고를 하지 아니할 수 있다고 정합니다. 신고 의무를 면해 주는 규정이므로 직원이 5월에 직접 확정신고를 하면서 빠진 공제를 넣을 수 있습니다. 또 국세기본법 제45조의2 제5항은 연말정산으로 소득세를 납부하고 지급명세서가 제출기한까지 제출된 원천징수대상자에게도 경정청구 규정을 준용하며, 이때 청구 기간은 연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내입니다. 청구를 받은 세무서장은 같은 조 제3항에 따라 2개월 이내에 결정·경정하거나 그럴 이유가 없다는 뜻을 알려야 합니다. 정리하면, 이번 연말정산은 본인 공제만으로 마무리하고 부양가족 공제는 직원 몫으로 남겨 두는 구조입니다. 공제가 적게 들어간 만큼 직원은 추가로 낼 세금이 생기거나 돌려받을 금액이 줄 수 있지만, 그 차이는 직원이 확정신고나 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 회사가 다시 연말정산을 해 줄 의무가 생기는 것은 아닙니다. 회사는 신고서 제출을 안내한 문자나 메일 기록을 남겨 두고, 지급명세서를 기한 안에 제출해 직원이 나중에 경정청구를 할 수 있게 해 두세요. 직원에게는 본인 공제만 반영했다는 사실과 직접 신고나 경정청구로 공제를 받을 수 있다는 점을 알려 주면 다툼을 줄일 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.