작은 제조업체를 운영하는 법인사업자입니다. 거래처에 납품한 물건 한 건에 대해 전자세금계산서를 발급했는데, 발급이 안 된 줄 알고 한 번 더 발급하는 바람에 같은 거래로 공급가액 300만 원짜리 세금계산서가 두 장 나가 버렸습니다. 거래처에서 같은 건이 두 번 들어왔다고 연락이 왔습니다. 한 장을 취소하듯 없애려면 어떻게 해야 하는지, 금액을 고쳐 새로 다시 끊어야 하는 것은 아닌지 알고 싶습니다.
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착오로 같은 거래에 전자세금계산서를 두 번 발급했다면 수정전자세금계산서로 바로잡습니다. 더 나간 한 장의 내용대로 음(陰)의 표시를 한 수정전자세금계산서를 발급해 상쇄하면 되고, 금액을 고쳐 새로 다시 끊을 필요는 없습니다.
부가가치세법 제32조 제7항은 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 발급한 후 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급할 수 있다고 정합니다. 부가가치세법 시행령 제70조 제1항은 그 사유와 절차를 호별로 나누어 정하는데, 제7호는 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음의 표시를 하여 발급하도록 정합니다.
질문하신 경우 한 번 납품한 거래에 같은 내용의 전자세금계산서가 두 장 나갔으므로 제7호에 해당합니다. 두 장 가운데 한 장은 실제 거래와 맞으니 그대로 두고, 나머지 한 장과 같은 공급가액 300만 원과 세액을 음의 표시로 적은 수정전자세금계산서를 한 장 발급합니다. 그러면 거래처 앞으로 잡힌 금액이 실제 거래 한 건 분으로 맞춰집니다.
같은 항의 다른 호와 비교하면 차이가 분명합니다. 제5호는 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우 처음 것을 붉은색 글씨나 음의 표시로 발급하고, 고친 세금계산서를 검은색 글씨로 다시 발급하도록 정합니다. 반면 제7호는 음의 표시를 한 발급만 정하고 있어, 새로 다시 끊는 절차가 붙어 있지 않습니다. 맞는 세금계산서 한 장이 이미 남아 있기 때문입니다. 다만 두 장 중 하나에 금액이나 거래처 같은 내용까지 잘못 적혀 있다면 기재 착오 문제가 함께 생깁니다. 같은 법 제32조 제1항이 정한 공급하는 사업자와 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일이 두 장에서 똑같은지 먼저 대조해 보세요. 참고로 시행령 제70조 제1항 제8호는 면세 등 발급대상이 아닌 거래에 발급한 경우를 따로 정하고 있어, 이중발급과는 적용되는 호가 다릅니다.
같은 법 제32조 제2항은 법인사업자가 세금계산서를 전자적 방법으로 발급하도록 정하고, 제3항은 발급하면 정해진 기한까지 발급명세를 국세청장에게 전송하도록 정합니다. 두 장이 모두 전송되었다면 국세청 자료에도 같은 거래가 두 번 잡혀 있을 수 있으므로, 수정분까지 반영되어야 신고 자료와 실제 거래가 맞습니다.
거래처에도 수정 발급 사실을 알려 주세요. 거래처가 두 장을 모두 매입 자료로 쓰면 신고 내용이 실제와 달라지므로, 수정전자세금계산서가 들어간 뒤 거래처 장부도 한 건으로 맞추도록 하는 것이 좋습니다. 부가가치세 신고 전에 바로잡아 두시고, 발급분 두 장과 수정분, 납품 명세서, 거래처와 주고받은 연락 내용을 함께 보관하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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