상가주택 신축 공통매입세액, 매출 없는 공사 중 부가세는 어떻게 나누나요?

공사 중이라 상가 임대료와 주택 임대료가 모두 없으므로, 공사비 부가가치세는 상가와 주택에 쓸 예정사용면적의 비율로 나눕니다. 상가에 해당하는 부분은 공제받고 주택에 해당하는 부분은 공제받지 못합니다. 그 뒤 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 확정된 면적 비율로 정산합니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제12호는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것에 부가가치세를 면제하고, 제39조 제1항 제7호는 면세사업등에 관련된 매입세액을 공제하지 않습니다. 제40조는 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우 매입세액을 실지귀속에 따라 계산하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 대통령령으로 정하는 기준으로 안분하도록 정합니다. 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 원칙적으로 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분합니다. 같은 조 제4항은 해당 과세기간에 두 사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없으면 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율의 순서로 안분하되, 건물을 신축해 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있으면 예정사용면적 비율을 먼저 적용한다고 정합니다. 제5항은 이렇게 안분한 건물은 나중에 두 사업의 공급가액이 모두 생기더라도 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지 예정사용면적 비율을 계속 적용하고, 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 정산하도록 정합니다. 질문하신 경우 설계도면상 1층 상가와 2·3층 주택의 면적이 나뉘어 있으므로, 공사비 부가가치세 중 총예정사용면적에서 상가 예정면적이 차지하는 비율만큼을 공제받게 됩니다. 시행령 제82조는 사용면적이 확정되는 과세기간의 납부세액을 확정신고할 때 정산하도록 하므로, 완공 뒤 실제 면적이 설계와 달라지면 그때 확정된 면적 비율로 다시 계산해 더 공제받거나 덜 공제받은 금액을 맞춥니다. 제82조 단서에 따라 예정신고 때는 그 예정신고기간의 사용면적 비율 등으로 안분하고 확정신고 때 정산합니다. 예를 들어 설계상 상가 예정면적이 100제곱미터, 주택 예정면적이 200제곱미터라면 공통매입세액의 3분의 1을 공제받고 3분의 2는 공제받지 못합니다. 완공 뒤 상가 사용면적이 120제곱미터로 늘어 확정되면 그 확정된 비율로 다시 계산해 그동안 덜 공제받은 금액을 더 공제받습니다. 반대로 상가 면적이 줄면 그만큼 더 공제받은 세액을 납부세액에 더하게 됩니다. 설계도면, 면적표, 공사비 세금계산서를 보관하고, 상가에만 들어간 공사처럼 실지귀속이 분명한 비용은 따로 정리해 두세요. 제39조 제1항 제8호는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액을 원칙적으로 공제하지 않으므로, 등록 전에 받은 세금계산서가 있다면 등록신청일과 공급시기를 함께 확인하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.