약국을 운영하고 있습니다. 일반의약품처럼 부가가치세가 붙는 매출과 처방 조제처럼 면세되는 매출이 함께 있습니다. 얼마 전 부가가치세 확정신고를 하면서 면세 매출 금액도 신고서에 같이 적어 냈습니다. 그런데 면세 매출이 있으면 사업장현황신고를 따로 해야 한다는 말을 들었습니다. 저처럼 부가가치세 신고 때 면세 매출까지 적은 경우에도 사업장현황신고를 또 해야 하나요?
부가가치세 신고를 하면서 면세 매출 수입금액을 함께 신고했다면, 그 면세 부분은 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다. 따라서 같은 면세 매출에 대해 사업장 현황신고서를 다시 낼 필요는 없습니다. 다만 부가가치세 신고 때 면세 수입금액을 적지 않았다면 이 규정이 적용되지 않으니 그 부분은 따로 신고해야 합니다.
소득세법 제78조 제1항 본문은 사업자(그 과세기간 중 폐업하거나 휴업한 사업자를 포함합니다)가 해당 사업장의 현황을 그 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하도록 정합니다. 이것이 사업장 현황신고입니다. 같은 항 단서는 일정한 경우에는 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다.
그 단서 제2호는 부가가치세법상 사업자가 그 법에 따른 예정신고나 확정신고 등을 한 경우를 들고 있습니다. 그리고 제2호 단서는 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하여 면세사업 수입금액 등을 신고하는 경우에는 그 면세사업등에 대하여 사업장 현황신고를 한 것으로 본다고 정합니다. 즉 과세와 면세를 함께 하는 사업자는 부가가치세 신고서에 면세 수입금액까지 적어 내는 방식으로 사업장 현황신고를 대신할 수 있습니다. 과세사업만 하는 사업자는 제2호 본문에 따라 부가가치세 신고만으로 사업장 현황신고를 한 것으로 보고, 겸영 사업자는 제2호 단서에 따라 신고서에 적은 면세 부분까지 그렇게 봅니다. 또 같은 조 제3항은 납세조합에 가입하여 수입금액을 신고하는 자 등 대통령령으로 정하는 사업자는 사업장 현황신고를 하지 않을 수 있다고 정합니다.
질문자는 과세 매출과 면세 매출이 함께 있는 겸영 사업자이고, 부가가치세 확정신고 때 면세 매출 금액도 적어 냈습니다. 이는 제2호 단서가 말하는 면세사업 수입금액 등을 신고한 경우에 해당하므로, 그 면세 매출에 대해서는 사업장 현황신고를 한 것으로 봅니다. 별도의 사업장 현황신고서를 2월 10일까지 다시 낼 필요가 없습니다. 같은 매출을 두 번 신고하는 것이 아니라, 부가가치세 신고 하나로 두 가지 신고 의무를 함께 이행한 것으로 정리되는 구조입니다.
반대로 면세 수입금액을 부가가치세 신고서에 적지 않았거나 일부만 적었다면, 적지 않은 면세 부분은 제2호 단서로 해결되지 않습니다. 이때는 제1항 본문대로 다음 연도 2월 10일까지 사업장 현황신고를 해야 합니다. 같은 조 제2항에 따라 신고서에는 사업자 인적 사항, 업종별 수입금액 명세, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 들어가야 합니다.
부가가치세 신고서에 적은 면세 수입금액이 실제 매출과 맞는지 다시 확인해 보시기 바랍니다. 과세 매출과 면세 매출을 나눈 근거가 되는 판매 기록과 조제 내역 같은 자료는 정리해 보관해 두는 것이 좋습니다. 폐업하거나 휴업한 해에도 같은 의무가 적용된다는 점도 기억해 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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