회사는 감면 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 신청한 근로자의 명단을 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 나중에 세무서에서 요건에 맞지 않는다는 통지를 받으면, 그 뒤 급여를 줄 때 덜 뗀 세액에 100분의 105를 곱한 금액을 더해 원천징수해야 합니다. 조세특례제한법 제30조 제1항은 청년 등 대통령령으로 정하는 사람이 법이 정한 적용기한까지 중소기업체에 취업하면 일정 기간의 근로소득에 대한 소득세를 감면한다고 정하고, 제2항은 이를 적용받으려는 근로자가 원천징수의무자에게 감면 신청을 하도록 정합니다. 같은 조 제3항은 원천징수의무자가 감면 신청을 받으면 그 근로자의 명단을 신청을 받은 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하도록 하고, 같은 법 시행령 제27조 제6항은 이때 재정경제부령으로 정하는 감면 대상 명세서를 제출하도록 정합니다. 시행령 제27조 제5항은 근로자가 감면신청서를 취업일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 원천징수의무자에게 내도록 하고, 원천징수의무자는 감면신청서를 받은 달의 다음 달부터 감면율을 적용해 매월 근로소득에 대한 소득세를 원천징수할 수 있다고 정합니다. 예를 들어 신청서를 어느 달 중순에 받았다면, 명단은 그다음 달 10일까지 내야 하고 감면율은 그다음 달 급여부터 적용할 수 있습니다. 요건 미달 통지의 처리는 제30조 제4항과 제5항이 정합니다. 세무서장은 명단을 받은 뒤 요건에 해당하지 않는 사실이 확인되면 원천징수의무자에게 통지하고, 통지를 받은 원천징수의무자는 그 통지를 받은 날 이후 근로소득을 지급할 때 당초 원천징수했어야 할 세액에 미달하는 금액의 합계액에 100분의 105를 곱한 금액을 해당 월의 원천징수세액에 더해 원천징수해야 합니다. 해당 근로자가 이미 퇴직했다면 제5항 단서에 따라 그 사실을 세무서장에게 통지하고, 시행령 제27조 제7항은 이때 감면 부적격 대상 퇴직자 명세서를 내도록 정합니다. 이 경우 제30조 제6항에 따라 근로자의 주소지 관할 세무서장이 과소징수된 금액에 100분의 105를 곱한 금액을 근로자에게 직접 부과·징수합니다. 참고로 퇴직한 근로자가 제2항 단서에 따라 주소지 관할 세무서장에게 직접 감면을 신청했다가 요건 미달이 확인된 경우도 제7항에 따라 주소지 관할 세무서장이 과소징수된 금액에 100분의 105를 곱한 금액을 근로자에게 즉시 부과·징수합니다. 신청서와 첨부된 병역 증명 서류 등을 보관하고, 시행령 제27조 제2항이 정한 임원, 최대주주와 그 배우자·친족, 일용근로자 등 제외 대상에 해당하지 않는지도 미리 확인하세요. 명단 제출일과 매월 감면을 반영한 원천징수 내역은 나중에 통지를 받았을 때 추가로 떼어야 할 금액을 계산하는 근거가 되므로 월별로 정리해 두는 것이 좋습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.