직원 여섯 명인 제조업 법인을 운영하고 있고, 사업연도는 1월 1일부터 12월 31일까지입니다. 설립 첫해에 큰 적자가 나서 결손금이 남아 있었는데, 7년이 지난 지금 처음으로 이익이 많이 나서 이번 사업연도에 그 결손금을 공제받으려 합니다. 장부와 영수증은 5년만 보관하면 된다고 들어서 설립 첫해 증빙을 정리하려던 참인데, 버려도 되는지 알고 싶습니다.
버리시면 안 됩니다. 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도의 결손금을 공제받으려는 법인은, 그 결손금이 생긴 사업연도의 증명서류를 공제받는 사업연도의 법인세 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관해야 합니다. 5년 보관 원칙의 예외입니다.
법인세법 제116조 제1항 본문은 법인이 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하도록 정합니다. 같은 항 단서는 제13조 제1항 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 공제하려는 법인은, 그 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하도록 합니다. 제13조 제1항 제1호 가목은 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 공제 대상으로 정합니다. 제60조 제1항은 법인세 신고기한을 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(성실신고확인서를 내면 4개월) 이내로 정합니다.
국세기본법 제85조의3 제2항도 장부와 증거서류를 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하되, 제26조의2 제3항에 해당하면 그 항에서 정한 날까지 보존하도록 합니다. 제26조의2 제3항은 부과제척기간이 끝난 뒤의 과세기간에 법인세법 제13조 제1항 제1호의 이월결손금을 공제하면, 그 결손금이 발생한 과세기간의 법인세 부과제척기간을 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 정합니다.
질문하신 경우 설립 첫해 결손금은 이번 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 생겼으므로 단서가 적용되고, 15년 이내여서 공제 대상에도 들어갑니다. 사업연도가 1월 1일부터 12월 31일까지이므로 이번 사업연도의 신고기한은 다음 해 3월 말일(성실신고확인서를 내는 법인이면 4월 말일)입니다. 설립 첫해 증빙은 그날부터 1년이 되는 날까지 보관해야 합니다. 결손금이 커서 여러 사업연도에 나누어 공제한다면, 공제하는 사업연도마다 이 기준을 다시 따져야 합니다. 한 해에 공제할 수 있는 금액은 제13조 제1항 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80이 한도이고, 중소기업 등 대통령령으로 정하는 법인은 100분의 100입니다.
다른 사업연도에서 생긴 결손금을 공제할 때도 그 결손금이 공제 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 생긴 것이면 같은 단서가 적용됩니다. 연도별 결손금 발생액과 공제액을 정리한 표를 만들고, 그 표에 맞춰 해당 연도의 증빙을 따로 묶어 두세요. 종이 보관이 부담된다면 국세기본법 제85조의3 제3항의 전산조직 보존 방법도 있습니다. 증빙을 정리하기 전에 이번 사업연도 법인세 신고서의 결손금 공제 내역부터 확인하시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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