외국 과일을 수입해 국내 마트와 식당에 넘기는 도매업을 하는 개인사업자입니다. 수입할 때마다 세관에서 계산서를 받고 있는데, 세무 신고 때 이 계산서도 매입처별 계산서합계표에 모두 적어 제출해야 하는지 헷갈립니다. 거래처에 팔 때는 제가 전자계산서를 발급하고 있습니다. 합계표는 어떤 것을 내야 하나요?
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세관에서 받은 수입 계산서는 매입처별 계산서합계표를 제출하지 않아도 됩니다. 소득세법이 수입자가 받은 계산서를 합계표 제출 예외로 명시하고 있습니다. 거래처에 발급한 계산서도 전자계산서로 발급하고 발급명세를 국세청장에게 전송했다면 매출처별 합계표를 따로 내지 않을 수 있습니다. 매입과 매출을 나눠서 보시면 됩니다.
소득세법 제163조 제3항은 수입하는 재화에 대해서는 세관장이 계산서를 수입자에게 발급하도록 합니다. 같은 조 제5항 본문은 사업자가 제1항부터 제3항까지에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출·매입처별 계산서합계표를 대통령령으로 정하는 기한까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출하도록 합니다. 그러면서 단서 제1호는 제3항에 따라 계산서를 발급받은 수입자는 그 계산서의 매입처별 합계표를 제출하지 아니할 수 있다고 정하고, 제2호는 전자계산서를 발급하거나 발급받고 그 발급명세를 제8항 및 제9항에 따라 국세청장에게 전송한 경우 매출·매입처별 계산서합계표를 제출하지 아니할 수 있다고 정합니다. 제8항은 전자계산서를 발급하면 대통령령으로 정하는 기한까지 발급명세를 국세청장에게 전송하도록 합니다.
세관에서 받은 계산서는 제3항의 계산서이고 질문하신 분은 수입자이므로, 제5항 제1호에 따라 이 계산서의 매입처별 합계표는 내지 않아도 됩니다. 국내 거래처에 판 분은 전자계산서를 발급하고 발급명세가 국세청장에게 전송되었다면 제2호에 따라 매출처별 합계표 제출을 생략할 수 있습니다. 반대로 종이 계산서를 발급했거나 발급명세가 전송되지 않은 분은 매출처별 합계표를 기한까지 내야 합니다. 국내 다른 도매상에게서 종이 계산서를 받고 산 과일이 있다면 그 분은 수입 계산서가 아니므로 매입처별 합계표 제출 대상이 됩니다.
제163조 제1항은 사업자등록을 한 사업자가 재화를 공급하면 계산서 또는 영수증을 발급하도록 하고, 부가가치세법에 따른 전자세금계산서 의무발급 사업자나 총수입금액 등을 고려해 대통령령으로 정하는 사업자는 전자계산서를 발급하도록 합니다. 질문하신 분처럼 이미 전자계산서를 발급하고 있다면 발급명세 전송까지 마쳐야 매출처별 합계표 제출을 생략할 수 있다는 점이 핵심입니다. 전송이 빠진 분은 제2호의 예외에 해당하지 않습니다.
합계표를 내지 않아도 된다는 것이지 계산서를 보관하지 않아도 된다는 뜻은 아닙니다. 소득세법 제160조의2 제1항은 필요경비를 계산하려면 지출 증명서류를 받아 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하도록 하므로, 세관에서 받은 계산서와 수입 관련 서류는 그대로 보관하세요. 전자계산서 발급명세가 실제로 전송되었는지도 주기적으로 확인해 두는 것이 좋습니다. 합계표 제출 기한은 대통령령으로 정해져 있으니 신고 일정에 맞춰 확인하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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