한식당을 운영하는 개인사업자로 장부를 써서 종합소득세를 신고합니다. 부가가치세 신고 때 시장과 농가에서 산 채소와 고기 같은 면세 식재료 매입분으로 의제매입세액공제를 받았습니다. 그런데 종합소득세 장부에는 식재료를 산 금액 그대로 재료비로 넣어 왔습니다. 이렇게 해도 되는지, 고쳐야 한다면 재료비를 어떻게 계산하는지 알고 싶습니다.
산 금액 그대로 넣으면 안 됩니다. 부가가치세 신고 때 의제매입세액으로 공제받은 금액은 소득세법 시행령에 따라 해당 원재료의 매입가액에서 빼야 합니다. 종합소득세 장부의 재료비는 산 금액에서 공제받은 의제매입세액을 뺀 금액이 됩니다.
부가가치세법 제42조 제1항은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 등 면세농산물등을 원재료로 하여 만든 재화나 창출한 용역에 부가가치세가 과세되는 경우, 매입세액이 있는 것으로 보아 면세농산물등의 가액에 정해진 율을 곱한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다고 정합니다. 음식점을 경영하는 개인사업자의 율은 108분의 8이고, 과세표준 2억원 이하인 경우에는 법이 정한 적용기한까지 109분의 9입니다. 공제 대상 가액에는 대통령령으로 정하는 한도가 있습니다.
소득세법 제39조 제2항은 매입 등으로 취득한 자산의 취득가액을 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 하고, 제6항은 그 계산에 필요한 사항을 대통령령에 맡깁니다. 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호는 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액을 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 더한 금액으로 정합니다. 같은 조 제4항은 부가가치세법 제42조에 따라 공제받은 의제매입세액을 해당 원재료의 매입가액에서 공제한다고 정합니다.
질문하신 한식당의 채소와 고기는 면세로 사서 과세되는 음식 용역의 원재료로 쓰였고, 그 매입분으로 의제매입세액공제를 받았습니다. 따라서 장부의 재료비는 산 금액에서 공제받은 의제매입세액을 뺀 금액으로 적어야 합니다. 예를 들어 면세 식재료를 3,000만 원어치 샀고 그 매입분으로 의제매입세액 200만 원을 공제받았다면 장부에 넣을 재료비는 2,800만 원입니다. 공제를 받지 않은 매입분이 있다면 그 부분은 빼지 않습니다. 음식점을 경영하는 개인사업자는 원칙적으로 면세 식재료 가액의 108분의 8을 공제받으므로, 그만큼 장부의 재료비가 줄어든다고 보면 됩니다.
그동안 산 금액 그대로 경비로 넣어 신고했다면 공제받은 금액만큼 경비가 많게, 소득은 적게 신고된 상태입니다. 이미 신고한 해가 있다면 부가가치세 신고서의 의제매입세액 공제액과 장부의 재료비를 해마다 대조해 겹친 금액을 확인하고, 바로잡는 방법을 확인하세요. 앞으로는 부가가치세 신고를 마칠 때마다 공제받은 의제매입세액을 장부의 재료비에서 빼는 정리를 함께 해 두면 됩니다.
의제매입세액공제를 받으려면 제42조 제2항에 따라 부가가치세 신고와 함께 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 내야 합니다. 매입 증빙과 공제 신고 내역을 함께 보관해 두면 소득세 장부를 맞출 때도 근거가 됩니다. 공제받은 금액이 나중에 달라지면 장부의 재료비도 그에 맞춰 다시 맞추세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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