따로 내야 합니다. 연말정산에서 의료비 세액공제를 받은 직원이 있으면 의료비지급명세서를, 기부금 세액공제를 받은 직원이 있으면 기부금명세서를 회사가 근로소득 지급명세서를 낼 때 함께 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 공제를 받지 않은 직원은 이 명세서를 낼 대상이 아닙니다. 소득세법 시행령 제118조의5 제3항은 원천징수의무자가 근로소득세액 연말정산을 할 때 특별세액공제 대상이 되는 의료비가 있는 근로자에 대해서는 근로소득지급명세서를 제출할 때에 그 근로자의 의료비지급명세서를 전산처리된 형태로 관할 세무서장에게 제출하도록 정합니다. 같은 영 제118조의7 제2항은 근로소득세액 연말정산을 할 때 기부금세액공제를 적용받은 사람에 대해서도 지급명세서를 제출할 때에 그 사람의 기부금명세서를 전산처리된 형태로 제출하도록 정합니다. 제출 시기의 기준이 되는 근로소득 지급명세서의 기한은 소득세법 제164조 제1항이 정합니다. 근로소득은 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 원천징수 관할 세무서장 등에게 내야 하고, 휴업·폐업·해산한 경우에는 그날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지입니다. 같은 조 제3항은 지급명세서를 정보통신망이나 디스켓 등 전자적 정보저장매체로 제출하도록 정합니다. 질문하신 회사는 의료비 세액공제를 받은 직원과 기부금 세액공제를 받은 직원이 있으므로, 근로소득 지급명세서를 낼 때 해당 직원별로 의료비지급명세서와 기부금명세서를 함께 내면 됩니다. 두 공제를 모두 받은 직원은 두 명세서에 모두 들어갑니다. 결국 두 명세서는 공제를 받은 직원에 한해 근로소득 지급명세서와 같은 때에 내는 서류라고 보시면 됩니다. 명세서에 담기는 의료비는 공제 대상이 되는 의료비입니다. 시행령 제118조의5 제1항은 진찰·치료·질병예방을 위해 의료기관에 지급한 비용, 치료·요양을 위한 의약품 구입비 등을 들면서 실손의료보험금으로 받은 금액은 빼도록 정합니다. 같은 조 제2항은 미용·성형수술 비용과 건강증진을 위한 의약품 구입비를 의료비에 포함하지 않습니다. 직원이 낸 영수증 가운데 이런 비용이 섞여 있지 않은지 확인하세요. 금액 한도가 있는 항목도 있습니다. 같은 조 제1항 제4호는 시력보정용 안경이나 콘택트렌즈 구입비를 기본공제대상자 1명당 연 50만원 이내로, 제7호는 산후조리원 비용을 출산 1회당 200만원 이내로 정합니다. 직원이 부모님 병원비 외에 이런 비용을 함께 냈다면 한도를 넘는 부분은 명세서의 공제 대상 의료비에 넣지 않도록 정리하세요. 기부금명세서도 직원이 낸 기부금 영수증의 기부처와 금액을 그대로 옮겨 적어야 합니다. 연말정산 때 직원에게서 받은 의료비 영수증과 기부금 영수증은 공제 금액과 명세서 금액이 서로 맞는지 대조한 뒤 직원별로 묶어 보관해 두시기 바랍니다. 근로소득 지급명세서 제출 일정에 맞춰 두 명세서도 미리 준비해 두면 빠뜨릴 걱정이 줄어듭니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.