할 수 있습니다. 지점에서 지급하는 소득의 원천징수세액을 본점에서 전자적 방법 등으로 일괄계산하고 그 사실을 본점 관할 세무서장에게 신고하면, 본점 소재지를 원천징수세액의 납세지로 할 수 있습니다. 부가가치세법에 따라 사업자단위로 등록한 법인도 본점 소재지를 납세지로 할 수 있습니다. 소득세법 제7조 제1항 제3호는 원천징수하는 자가 법인이면 본점 또는 주사무소의 소재지를 원천징수하는 소득세의 납세지로 정합니다. 다만 같은 항 제4호는 지점, 영업소, 그 밖의 사업장이 독립채산제에 따라 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 그 사업장의 소재지를 납세지로 하고, 단서에서 대통령령으로 정하는 경우에는 본점 또는 주사무소의 소재지를 납세지로 할 수 있다고 정합니다. 그 대통령령이 소득세법 시행령 제5조 제3항입니다. 제1호는 법인이 지점 등에서 지급하는 소득에 대한 원천징수세액을 본점 또는 주사무소에서 전자적 방법 등을 통해 일괄계산하는 경우로서 본점 또는 주사무소의 관할 세무서장에게 신고한 경우를 듭니다. 제2호는 부가가치세법에 따라 사업자단위로 등록한 경우를 듭니다. 질문하신 법인은 지점마다 따로 회계 처리를 하므로 지금은 제4호 본문에 따라 각 지점 소재지가 납세지입니다. 급여 시스템을 합쳐 본점에서 세 지점 직원의 원천징수세액을 한꺼번에 계산하면 제1호의 일괄계산 요건을 갖출 수 있고, 이를 본점 관할 세무서장에게 신고해야 비로소 본점 소재지를 납세지로 할 수 있습니다. 계산만 본점에서 하고 신고를 하지 않으면 제1호의 요건을 다 채우지 못하므로 신고 절차를 빠뜨리지 마세요. 납세지를 본점으로 정리하면 지급명세서도 본점 기준으로 맞춰야 합니다. 소득세법 제164조 제1항은 제7조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자를 지급명세서를 제출하는 자에 포함합니다. 원천징수한 세금은 제128조 제1항에 따라 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부해야 하므로, 전환하는 달에 지점과 본점이 같은 급여를 겹쳐 신고하거나 빠뜨리지 않도록 경계를 분명히 정해 두세요. 제4호 단서는 본점 소재지를 납세지로 '할 수 있다'고 정하므로, 이 방식은 요건을 갖춘 법인이 택하는 것입니다. 같은 법 제128조 제2항은 상시고용인원 수와 업종 등을 고려해 대통령령으로 정하는 원천징수의무자에게 반기별 납부를 허용하므로, 세 지점을 합친 뒤 법인이 그 대상에 해당하는지도 함께 확인해 두면 납부 일정을 정하기 쉽습니다. 다만 법인세법에 따라 처분된 상여 등에 대한 원천징수세액은 반기별 납부에서 빠집니다. 전환 전후 몇 달 동안은 지점별 급여 대장과 본점 합산 자료를 함께 보관하고, 본점 관할 세무서에 신고한 내역도 따로 남겨 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.