세법상 원천징수와 지급명세서 제출 의무를 지는 사람은 급여를 지급하는 사업주입니다. 대행업체가 위임을 받아 한 일은 위임 범위에서 사업주가 한 것으로 보므로, 대행업체가 늦게 낸 지급명세서는 사업주가 늦게 낸 것이 되고 그에 따른 가산세도 사업주에게 붙습니다. 소득세법 제127조 제1항은 국내에서 근로소득 등을 지급하는 자가 소득세를 원천징수하도록 정하고, 제7항은 이렇게 원천징수를 해야 할 자를 원천징수의무자라고 합니다. 같은 조 제2항은 원천징수를 해야 할 자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다고 정합니다. 지급명세서도 같습니다. 같은 법 제164조 제1항은 소득을 지급하는 자에게 지급명세서 제출 의무를 지우고, 제9항은 그 지급자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위를 본인 또는 위임인의 행위로 보고 제1항을 적용합니다. 근로소득 지급명세서의 기한은 제164조 제1항에 따라 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일입니다. 이를 넘기면 같은 법 제81조의11 제1항 제1호 가목에 따라 제출하지 않은 분의 지급금액의 100분의 1을 가산세로 내고, 기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하면 지급금액의 1천분의 5로 줄어듭니다. 이 가산세는 지급명세서를 제출해야 할 자가 종합소득 결정세액에 더해 내는 것이고, 같은 조 제6항에 따라 종합소득산출세액이 없어도 적용됩니다. 질문하신 경우 대행업체는 사업주의 위임을 받아 지급명세서를 낸 것이므로 늦게 낸 결과도 사업주가 늦게 낸 것으로 봅니다. 따라서 세무서에 대해서는 사업주가 가산세를 부담합니다. 대행업체가 실제로 낸 날이 기한 후 3개월 이내였는지에 따라 가산세율이 달라지므로 접수일을 확인해 보세요. 예를 들어 늦게 낸 지급명세서의 지급금액이 6억 원이라면 기한 후 3개월 이내 제출이면 1천분의 5인 300만 원, 그 뒤에 제출했다면 100분의 1인 600만 원이 가산세가 됩니다. 또 같은 조 제1항 제2호 가목은 제출한 지급명세서의 지급금액이 사실과 다르면 그 부분 지급금액의 100분의 1을 가산세로 정하므로, 늦게 낸 명세서의 내용이 정확한지도 함께 점검하세요. 대행업체와 사이에서 이 손실을 누가 부담할지는 세법이 정하는 문제가 아니므로 위탁계약서의 책임 조항을 살펴보시기 바랍니다. 앞으로는 대행업체에 맡기더라도 원천세 신고서와 지급명세서의 접수 내역을 사업주가 직접 받아 보관하세요. 원천징수한 세금은 제128조 제1항에 따라 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 내야 하므로, 매달 납부 내역도 함께 확인하는 것이 좋습니다. 위탁계약에 지급명세서 제출 일정과 접수 내역 공유 방법을 적어 두면 같은 일이 되풀이되는 것을 막을 수 있습니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.