법인전환 이월결손금, 개인사업 때 적자를 새 법인이 공제받을 수 있나요?

Q

개인사업자로 온라인 쇼핑몰을 4년째 운영하고 있습니다. 장부를 써서 종합소득세를 신고해 왔는데, 초기 3년 동안 적자가 나서 아직 공제받지 못한 이월결손금이 8천만 원 정도 남아 있습니다. 최근 매출이 늘어 법인을 세워 사업을 옮기려고 하는데, 개인사업 때 쌓인 이 결손금을 새 법인의 이익에서 빼서 법인세를 줄일 수 있는지 알고 싶습니다. 안 된다면 이 결손금은 그냥 사라지는 건가요?

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개인사업자 때 생긴 이월결손금은 새로 세운 법인의 법인세 계산에서 뺄 수 없습니다. 법인세에서 공제하는 이월결손금은 그 법인의 사업연도에서 생긴 결손금으로 정해져 있기 때문입니다. 다만 그 결손금은 대표님 개인에게 남아, 정해진 기간 안에 대표님의 다른 종합소득에서 공제받을 수 있습니다. 법인세법 제13조 제1항 제1호는 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 제14조 제3항의 이월결손금 중 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생하고 신고 등으로 과세표준에 포함된 결손금을 공제하도록 정합니다. 제14조 제2항은 내국법인의 각 사업연도 결손금을 그 사업연도 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 금액으로, 제3항은 내국법인의 이월결손금을 각 사업연도 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후 공제되지 않은 금액으로 정합니다. 한편 소득세법 제45조 제3항은 이월결손금을 발생한 과세기간 종료일부터 15년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액에서 먼저 발생한 것부터 공제하도록 하고, 같은 항 제1호는 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액, 배당소득금액 순서로 공제한다고 정합니다. 질문하신 8천만 원은 법인이 아니라 대표님이 개인사업자로서 소득세를 신고한 과세기간에 생긴 결손금입니다. 새 법인은 설립 후 자기 사업연도의 손금과 익금으로 결손금을 계산하므로, 법인세법 제14조 제3항의 이월결손금에 개인사업 때 결손금은 들어가지 않습니다. 사업을 법인으로 옮겨도 결손금이 법인으로 넘어가지 않는다는 뜻입니다. 대신 대표님 개인의 이월결손금은 소득세법 제45조 제3항에 따라 15년 안의 다른 소득금액에서 공제 대상이 됩니다. 예를 들어 법인에서 급여를 받아 근로소득금액이 생기면 그 소득금액도 공제 순서에 들어갑니다. 법인을 세운 뒤 법인에서 생기는 결손금은 법인세법에 따라 따로 공제됩니다. 제13조 제1항 단서는 이월결손금 공제를 각 사업연도 소득의 100분의 80까지로 하되, 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인은 100분의 100까지로 정합니다. 또 같은 항 제1호 나목은 신고하거나 결정·경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 공제하므로, 법인도 첫 사업연도부터 장부를 갖추어 신고해야 합니다. 같은 조 제2항은 해당 사업연도에 공제되지 않은 비과세소득과 소득공제액은 다음 사업연도로 넘기지 못한다고 정합니다. 같은 조 제4항은 해당 과세기간 소득금액을 추계신고하거나 추계조사결정하면 이월결손금 공제를 적용하지 않으므로, 개인 소득을 신고할 때 장부와 증명서류를 갖추세요. 또 제3항 단서는 부과 제척기간이 지난 뒤 확인된 그 이전 과세기간의 이월결손금은 공제하지 않는다고 정합니다. 결손금이 생긴 과세기간의 장부와 신고서를 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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