감면받을 수 있습니다. 중소기업이 자체 연구·개발한 특허권을 특수관계인이 아닌 내국인에게 이전해 생긴 소득에는 법인세의 100분의 50, 대여해 생긴 소득에는 100분의 25에 상당하는 세액이 감면됩니다. 다만 법이 정한 적용기한 안에 이전하거나 대여해야 하고, 감면 신청을 해야 합니다. 조세특례제한법 제12조 제1항은 중소기업 및 중견기업이 대통령령으로 정하는 자체 연구·개발한 특허권, 실용신안권, 기술비법 또는 기술(특허권등)을 법이 정한 적용기한까지 내국인에게 이전함으로써 발생하는 소득에 대해 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 정합니다. 대통령령으로 정하는 특수관계인에게 이전한 경우는 제외합니다. 같은 조 제3항은 자체 연구·개발한 특허권등을 대여함으로써 발생하는 소득에 대해 100분의 25에 상당하는 세액을 감면하며, 특수관계인에게 대여한 경우는 마찬가지로 제외합니다. 같은 조 제4항은 해당 과세연도와 직전 4개 과세연도에 특허권등에서 발생한 손실이 있으면 이전·대여로 발생하는 소득을 계산할 때 그 손실금액을 빼도록 하고, 제5항은 감면을 받으려는 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면 신청을 하도록 정합니다. 같은 법 시행령 제11조 제1항은 여기서 말하는 특수관계인을 법인세법 시행령과 소득세법 시행령에 따른 특수관계인으로 정합니다. 질문하신 회사가 중소기업이고 두 특허가 회사 연구소에서 자체 연구·개발한 것이라면, 거래 관계만 있는 회사에 특허를 팔아 생긴 소득은 제1항에 따라 법인세의 100분의 50, 사용료를 받고 빌려주는 특허에서 생긴 소득은 제3항에 따라 100분의 25가 감면 대상입니다. 감면되는 것은 특허를 넘기거나 빌려줘서 생긴 소득에 대한 세액이므로 회사 전체 법인세가 그 비율만큼 줄어드는 것은 아닙니다. 또 최근 몇 년 사이 특허권등에서 손실이 있었다면 제4항에 따라 그만큼 줄어든 소득을 기준으로 감면액이 계산됩니다. 예를 들어 특허를 팔아 생긴 소득에 대한 법인세가 1,000만원이라면 그 100분의 50인 500만원이, 대여로 생긴 소득에 대한 법인세가 400만원이라면 그 100분의 25인 100만원이 감면되는 구조입니다. 회사가 나중에 중견기업이 되더라도 제1항과 제3항은 중견기업을 함께 대상으로 정하고 있습니다. 상대 회사가 지분이나 임원 관계 등으로 특수관계인에 해당하면 감면이 적용되지 않으므로 계약 전에 관계를 확인하세요. 감면 대상 특허권등의 세부 범위는 시행령이 따로 정하므로, 자체 개발 사실을 보여 줄 연구개발 기록과 특허 등록 서류, 이전·대여 계약서, 대가를 받은 내역을 함께 보관해 두세요. 이전이나 대여가 법이 정한 적용기한 안에 이루어지는지도 계약 시점에 확인해야 합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.