현물출자 취득세 경감, 공장을 넘겨받은 자회사도 절반만 내나요?

Q

제조업을 15년째 하고 있는 법인의 재무 담당자입니다. 지방에 있는 공장 건물과 땅을 현물출자해서 지분 100%를 가진 자회사를 새로 세우려고 합니다. 회사의 법인세는 과세를 미룰 수 있다고 들었는데, 공장을 넘겨받는 자회사가 내야 할 취득세도 줄어드는지 궁금합니다. 줄어든다면 나중에 어떤 일이 생기면 다시 내야 하는지도 알고 싶습니다.

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법인세법 제47조의2의 요건을 갖춘 현물출자로 자회사가 취득하는 사업용 재산은 법이 정한 적용기한까지 취득하면 취득세의 100분의 50이 경감됩니다. 다만 취득일부터 3년 이내에 자회사가 그 사업을 폐지하거나 출자한 회사의 지분이 100분의 50 미만으로 줄면 경감받은 취득세를 추징합니다. 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제3호는 법인세법 제47조의2에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 재산의 취득세를 100분의 50 경감하고, 취득일부터 3년 이내에 같은 법 제47조의2 제3항 각 호의 사유가 생기면(각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외) 경감받은 취득세를 추징한다고 정합니다. 법인세법 제47조의2 제1항이 정한 현물출자 요건은 이렇습니다. 출자법인이 현물출자일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인이어야 합니다. 피출자법인이 현물출자일이 속하는 사업연도 종료일까지 출자받은 자산으로 영위하던 사업을 계속해야 합니다. 다른 사람과 공동으로 출자한다면 그 사람이 출자법인의 특수관계인이 아니어야 합니다. 출자법인 등이 현물출자일 다음 날 현재 피출자법인 주식의 100분의 80 이상을 보유하고 그 사업연도 종료일까지 보유해야 합니다. 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 일부 요건을 갖추지 못해도 인정될 수 있습니다. 질문하신 회사는 15년간 사업을 해 왔고 혼자 출자해 지분 100%를 가지므로 기간, 공동출자, 지분 요건을 갖출 수 있습니다. 자회사가 넘겨받은 공장으로 같은 사업을 그 사업연도 말까지 계속하면 공장 건물과 땅의 취득세가 절반으로 줄어듭니다. 추징 사유는 법인세법 제47조의2 제3항 각 호입니다. 제1호는 피출자법인이 출자법인이 현물출자한 자산으로 영위하던 사업을 폐지하는 경우이고, 제2호는 출자법인 등이 피출자법인 주식을 100분의 50 미만으로 보유하게 되는 경우입니다. 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 예외가 됩니다. 취득일부터 3년 동안은 자회사의 공장 사업을 유지하고, 투자 유치나 지분 매각으로 모회사 지분이 절반 아래로 내려가지 않도록 계획을 세우세요. 현물출자 계약서, 감정 자료, 주주명부를 보관해 두시고, 법인세 과세이연 신청과 취득세 감면 신청은 각각 따로 챙기셔야 합니다. 법인세 쪽 사후관리도 함께 보셔야 합니다. 법인세법 제47조의2 제2항은 출자법인이 받은 주식을 처분하거나 피출자법인이 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하면, 손금에 산입했던 양도차익 상당액을 처분 비율을 고려해 익금에 산입하도록 정합니다. 이때 자회사는 그 자산을 처분한 날부터 1개월 이내에 출자법인에 알려야 합니다. 자회사가 공장 일부를 매각할 계획이 있다면 미리 모회사와 공유하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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