가능합니다. 공공기관 등에서 연구개발 목적으로 받은 출연금을 시행령이 정한 방법으로 구분경리하면, 받은 해에는 익금에 넣지 않고 실제로 연구개발비로 쓰는 해에 쓴 금액만큼 익금에 넣을 수 있습니다. 출연금으로 연구 장비를 사면 감가상각비만큼 나눠서 익금에 넣게 됩니다. 조세특례제한법 제10조의2 제1항은 내국인이 법이 정한 적용기한까지 연구개발 등을 목적으로 국가, 지방자치단체, 공공기관 또는 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 구분경리하면, 그 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제9조의2 제2항은 그 방법을 법인세법의 구분경리 규정을 준용하여 구분경리하는 경우로 정합니다. 익금에 넣는 시기는 법 제10조의2 제2항이 정합니다. 연구개발비로 지출하면 그 지출액만큼 지출일이 속하는 과세연도에 익금에 산입하고(제1호), 연구개발에 쓰는 자산을 취득하면 대통령령으로 정하는 방법에 따릅니다(제2호). 시행령 제9조의2 제3항은 감가상각자산이면 손금에 산입하는 감가상각비 상당액을 해당 과세연도에 익금에 산입하고, 그 자산을 처분하면 남은 잔액을 처분한 과세연도에 전액 익금에 산입하도록 합니다. 감가상각자산이 아닌 자산은 처분한 과세연도에 전액 익금에 산입합니다. 질문하신 회사가 출연금 3억원을 일반 수입과 나눠 구분경리하면 받은 해에는 익금에 넣지 않아도 됩니다. 그 뒤 2년 동안 인건비 등 연구개발비로 쓰는 금액이 그때그때 해당 연도의 익금이 되므로, 비용과 익금이 같은 해에 맞춰집니다. 장비를 샀다면 매년 손금에 넣는 감가상각비만큼만 익금이 되고, 장비를 팔면 남은 금액이 그해에 한꺼번에 익금이 됩니다. 예를 들어 첫해에 연구 인력 인건비 등으로 1억원을 쓰고 5천만원짜리 연구 장비를 샀으며, 다음 해에 나머지 1억5천만원을 연구비로 썼다고 해 보겠습니다. 첫해에는 1억원과 그해 장비 감가상각비 상당액이 익금이 되고, 다음 해에는 1억5천만원과 그해 감가상각비 상당액이 익금이 됩니다. 출연금을 받은 해에 3억원이 한꺼번에 익금이 되지 않으므로 세금 부담이 비용이 생기는 해로 나뉩니다. 이 특례는 법이 정한 적용기한까지 받은 출연금에만 적용되므로 출연금을 받은 시점도 함께 확인하세요. 주의할 점도 있습니다. 같은 조 제3항은 출연금을 연구개발 목적 외의 용도로 쓰거나 연구개발에 쓰기 전에 폐업 또는 해산하면 쓰지 않은 금액을 그 사유가 생긴 과세연도에 익금에 산입하도록 합니다. 시행령 제9조의2 제4항은 특례를 적용받으려면 과세표준신고와 함께 출연금등익금불산입명세서를 납세지 관할 세무서장에게 내도록 정합니다. 출연금 전용 계좌와 집행 내역, 협약서를 따로 관리해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.