재건축조합은 법인세법을 적용할 때 비영리내국법인으로 봅니다. 그래서 모든 소득이 아니라 수익사업에서 생긴 소득 등에만 법인세가 매겨집니다. 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전 토지 대신 새 아파트를 공급하는 것은 수익사업이 아니고, 부가가치세법상 재화의 공급으로도 보지 않습니다. 조세특례제한법 제104조의7 제2항은 도시 및 주거환경정비법에 따라 설립된 조합 등 정비사업조합에 대해서는 법인세법의 정의 규정에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(제29조는 제외)을 적용한다고 정합니다. 법인세법 제4조 제1항은 비영리내국법인에 과세되는 소득을 각 사업연도의 소득과 토지등 양도소득으로 한정하고, 같은 조 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 한정합니다. 조합원 공급분은 별도 규정이 있습니다. 같은 법 시행령 제104조의4는 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업을 법인세법 제4조 제3항의 수익사업이 아닌 것으로 봅니다. 법 제104조의7 제3항은 정비사업조합이 공사를 마친 후 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(그 사업으로 건설된 것만 해당)을 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않습니다. 질문하신 조합은 일반 회사처럼 모든 소득에 법인세를 내는 것이 아니라 비영리내국법인으로서 수익사업 소득 등에만 법인세를 냅니다. 비영리내국법인에는 청산소득이 과세 대상에서 빠지는 점도 일반 회사와 다릅니다. 조합원에게 새 아파트를 넘기는 것은 법인세법상 수익사업이 아니고 부가가치세 과세 대상도 아닙니다. 조합원이 아닌 사람에게 분양하는 등 이 규정에 들어가지 않는 사업에서 생긴 소득은 법인세법 제4조 제3항의 수익사업에 해당하는지를 따로 따져 신고해야 합니다. 법인세법 제4조 제3항은 수익사업으로 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(제1호), 소득세법에 따른 이자소득(제2호)과 배당소득(제3호), 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입(제5호) 등을 듭니다. 이처럼 수익사업에는 사업의 종류뿐 아니라 이자나 배당 같은 수입도 들어가므로, 조합원 공급 외의 수입이 생기면 하나씩 살펴야 합니다. 조합 회계에서 조합원 공급분과 그 밖의 수입을 나눠 관리해 두면 신고할 때 혼란을 줄일 수 있습니다. 비영리내국법인이라도 법인세법 제29조의 고유목적사업준비금 손금산입은 적용되지 않습니다. 또 법 제104조의7 제4항은 조합이 소유권을 모두 이전한 뒤 국세를 내지 않고 남은 재산을 나눠 주면, 강제징수로도 부족한 경우 그 재산을 받은 사람이 받은 가액을 한도로 제2차 납세의무를 진다고 정합니다. 청산 전에 세금 정산을 마쳐 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.