금속가공 공장을 운영하는 법인의 대표입니다. 공장 부지가 도로 건설 공익사업 구역에 편입되어 사업시행자에게 대지와 건물을 넘기게 됐고, 공장은 12년 동안 가동해 왔습니다. 보상금으로 공익사업 구역 밖 다른 지방에 새 공장을 지을 계획인데, 장부가액보다 보상금이 훨씬 커서 양도차익에 대한 법인세가 걱정됩니다. 양도차익을 한꺼번에 익금에 넣지 않고 나눠서 넣을 수 있는지 알고 싶습니다.
요건을 갖추면 가능합니다. 공익사업으로 2년 이상 가동한 공장을 사업시행자에게 넘기고 법이 정한 지역으로 이전하는 내국법인은, 계산된 금액을 양도한 사업연도에 익금에 넣지 않고 나중에 나눠 넣을 수 있습니다. 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도 동안 균분한 금액 이상을 익금에 넣습니다.
조세특례제한법 제85조의7 제1항은 공익사업의 시행으로 사업인정고시일부터 소급해 2년 이상 가동한 공장을 공익사업 시행지역 밖의 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위해 그 대지와 건물을 법이 정한 적용기한까지 사업시행자에게 양도하는 경우를 대상으로 합니다. 같은 항 제1호는 내국법인이 대통령령으로 계산한 금액을 해당 사업연도에 익금에 산입하지 않고 위와 같이 나눠 산입하도록 정합니다.
나눠 넣을 수 있는 금액은 같은 법 시행령 제79조의8 제2항이 정합니다. 기존공장의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도 종료일 현재 이월결손금 합계액을 뺀 금액에, 기존공장 양도가액 중 새 지방공장 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100 한도)을 곱한 금액입니다. 같은 조 제4항은 양도한 사업연도 종료일까지 새 공장을 취득하지 않았으면 이전(예정)명세서의 예정가액으로 계산하고, 제7항은 실제 취득가액 기준으로 계산한 금액을 넘어 적용받은 부분을 사업 개시 연도에 익금에 넣도록 합니다.
질문하신 공장은 12년 가동해 기간 요건을 넘습니다. 예를 들어 양도가액 30억원, 장부가액 10억원, 이월결손금이 없고 새 공장 취득가액이 24억원이라면, 20억원에 100분의 80을 곱한 16억원을 익금에 넣지 않을 수 있습니다. 이 16억원은 5년 뒤 사업연도부터 5개 사업연도 동안 매년 3억2천만원 이상씩 익금에 넣게 됩니다. 새 공장 취득가액이 보상금보다 적으면 그 비율만큼만 익금불산입됩니다. 시행령 같은 조 제5항은 기존공장을 양도한 날부터 3년(재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 6년) 이내에 지방공장을 취득해 사업을 개시하는 경우 등으로 이전 시기를 정하므로 일정을 맞추셔야 합니다. 옮겨 갈 곳이 시행령이 정한 지역에 들어가는지도 먼저 확인하세요.
사후관리도 있습니다. 법 제85조의7 제2항은 공장을 이전하지 않거나 양도일부터 3년 이내에 폐업하거나 해산하면 계산한 금액을 익금에 산입하도록 하고, 시행령 같은 조 제6항 제1호는 그 금액을 익금에 넣지 않은 금액 전액으로 정합니다. 제8항에 따라 양도한 사업연도 과세표준신고 때 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 내야 합니다. 이 특례는 법이 정한 적용기한까지 양도한 경우에 적용되므로 보상 협의와 양도 시기도 함께 확인하세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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