가족끼리 주주로 있는 작은 주식회사를 운영하고 있는데, 운영을 단순하게 하려고 유한회사로 바꾸는 것을 생각하고 있습니다. 주변에서는 회사 형태를 바꾸면 기존 회사가 해산하고 청산하는 것처럼 보아 청산소득에 세금이 나올 수 있다고 하더군요. 조직을 바꿀 때 청산소득에 법인세나 법인지방소득세가 붙는지, 미리 챙겨야 할 조건이 있는지 알고 싶습니다.
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상법에 따라 주식회사를 유한회사로 조직변경하는 것이라면 청산소득에 대한 법인세와 법인지방소득세는 과세되지 않습니다. 다만 상법이 정한 조직변경 요건을 갖춰야 하므로, 주주 전원의 동의와 사채 상환 여부, 자본금 규모를 먼저 확인해야 합니다.
지방세법 제103조의46 제2항은 내국법인이 법인세법 제78조 각 호에 따른 조직변경이 있는 경우에는 청산소득에 대한 법인지방소득세를 과세하지 아니한다고 정합니다. 법인세법 제78조는 내국법인이 제1호의 상법의 규정에 따라 조직변경하는 경우, 제2호의 특별법에 따라 설립된 법인이 그 특별법의 개정이나 폐지로 상법에 따른 회사로 조직변경하는 경우, 제3호의 그 밖의 법률에 따라 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다고 정합니다.
주식회사를 유한회사로 바꾸는 절차는 상법 제604조가 정합니다. 같은 조 제1항은 주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여 유한회사로 할 수 있지만, 사채의 상환을 완료하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다고 정합니다. 제2항은 이 경우 회사에 현존하는 순재산액보다 많은 금액을 자본금의 총액으로 하지 못한다고 하고, 제3항은 결의에서 정관 기타 조직변경에 필요한 사항을 정하도록 합니다.
질문하신 회사가 이 절차대로 유한회사로 바뀐다면 법인세법 제78조 제1호의 상법에 따른 조직변경에 해당하므로, 청산소득에 대한 법인세와 법인지방소득세가 모두 과세되지 않습니다. 가족 주주라도 주주 전원이 찬성해야 하므로 한 명이라도 반대하면 이 방식으로 바꿀 수 없습니다. 발행한 사채가 남아 있다면 먼저 상환해야 하고, 유한회사의 자본금은 조직변경 당시 순재산액을 넘지 않도록 정해야 합니다.
참고로 지방세법 제103조의41은 청산소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준을 법인세법 제79조에 따른 해산에 의한 청산소득의 금액과 같은 금액으로 정합니다. 조직변경은 지방세법 제103조의46 제2항이 이 과세를 하지 않는다고 따로 정한 경우입니다. 다만 순재산액은 상법 제604조 제2항의 자본금 한도 때문에 따져 봐야 하므로, 조직변경 결의 당시 회사의 자산과 부채를 정리해 순재산액을 계산하고 그 범위 안에서 유한회사의 자본금 총액을 정하세요.
조직변경을 하지 않고 기존 회사를 해산한 뒤 새 유한회사를 세우는 방식이라면 이야기가 달라집니다. 이 경우에는 해산에 의한 청산소득 계산과 신고 문제가 생기므로, 원하는 결과가 조직변경인지 해산 후 신설인지 처음부터 분명히 정하세요. 총회 의사록, 주주 전원의 동의를 보여 주는 서류, 조직변경 당시 재무상태표를 갖춰 두면 나중에 조직변경 사실을 확인받기 쉽습니다. 이 특례는 청산소득에 관한 것이므로 회사가 각 사업연도에 버는 소득에 대한 세금은 평소처럼 신고해야 합니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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