특수관계 법인 사업양수, 우리 회사 이월결손금을 그 이익에서 뺄 수 있나요?

요건에 해당하면 뺄 수 없습니다. 특수관계인인 법인으로부터 그 법인 자산의 대부분을 넘겨받는 사업양수라면, 사업양수일 현재 우리 회사에 있던 결손금은 양수한 사업부문에서 생긴 소득금액의 범위에서는 공제되지 않습니다. 법인세법 제50조의2는 내국법인이 다른 내국법인의 사업을 양수하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 사업양수일 현재의 결손금은 사업을 양수한 내국법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 양수한 사업부문에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 아니한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제86조의2 제1항은 그 경우를 다음 두 기준에 모두 해당하는 경우로 정합니다. 제1호는 양수자산이 사업양수일 현재 양도법인의 자산총액의 100분의 70 이상이고, 양도법인의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액의 100분의 90 이상인 경우이고, 제2호는 사업의 양도·양수 계약일 현재 양도·양수인이 특수관계인인 법인인 경우입니다. 질문하신 경우 계열 법인과 특수관계에 있고 사업을 거의 통째로 넘겨받는다면 두 기준에 모두 해당할 가능성이 큽니다. 넘겨받는 자산이 양도법인 자산총액의 100분의 70 이상이면서 순자산의 100분의 90 이상인지 사업양수일 기준으로 계산해 보세요. 두 기준을 모두 충족하면 양수한 사업에서 난 이익에서는 기존 이월결손금을 뺄 수 없습니다. 이 조항이 막는 것은 양수한 사업부문의 소득에서 빼는 것이므로, 원래 하던 사업의 소득과의 관계는 따로 구분해 보아야 합니다. 숫자로 예를 들면, 양도법인의 자산총액이 50억원이고 부채총액이 20억원이라면 넘겨받는 자산이 자산총액의 100분의 70인 35억원 이상이고, 순자산 30억원의 100분의 90인 27억원 이상이어야 두 번째 기준까지 충족합니다. 또 공제가 제한되는 것은 사업양수일 현재 있던 결손금이므로, 양수 이후 사업연도에 새로 생기는 결손금은 이 조항의 대상이 아닙니다. 회계 처리도 중요합니다. 같은 법 제113조 제7항은 제50조의2에 해당하는 사업을 양수한 법인이 사업양수일 현재 결손금이 있으면 그 결손금을 공제받는 기간 동안 양수한 사업과 그 밖의 사업의 자산·부채 및 손익을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 하고, 단서로 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에는 구분하지 않을 수 있게 합니다. 회계를 구분하지 않은 경우에는 제50조의2 괄호에 따라 소득금액을 자산가액 비율로 나누어 계산하며, 시행령 제86조의2 제2항은 이 비율을 사업양수일 현재 양수법인의 사업용 자산가액과 양수한 사업부문의 사업용 자산가액의 비율로 정합니다. 양수 계약서, 사업양수일 현재 양도법인의 재무상태표, 넘겨받은 자산 목록을 보관하고, 구분경리 대상인지부터 정리해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.