본사는 서울에, 공장은 다른 도에 있는 제조 법인입니다. 법인지방소득세를 신고하면서 사업장별로 나누지 않고 본사 관할 구청에 전액을 신고·납부했다는 사실을 최근에 알게 됐습니다. 지금이라도 공장이 있는 지방자치단체에 다시 신고하면 가산세가 붙는지, 그리고 본사 쪽에 더 낸 세금은 본점에서 한꺼번에 경정청구로 돌려받을 수 있는지 알고 싶습니다.
고쳐 신고할 수 있지만, 질문처럼 사업장별로 나누지 않고 한 지방자치단체에 일괄 신고한 경우에는 안분 오류를 고칠 때의 가산세 면제가 적용되지 않습니다. 다만 무신고가산세는 무신고납부세액의 100분의 10으로 낮춰 계산합니다. 본사 관할 구청에 더 낸 세금은 경정청구로 돌려받을 수 있지만 환급가산금은 붙지 않습니다.
지방세법 제103조의24 제2항은 신고한 내국법인이 납세지나 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있음을 발견하면, 지방자치단체의 장이 보통징수 방법으로 부과고지를 하기 전까지 관할 지방자치단체의 장에게 지방세기본법에 따른 수정신고, 경정 등의 청구 또는 기한 후 신고를 할 수 있다고 정합니다. 같은 조 제3항 후단은 이렇게 생긴 추가납부세액에 무신고가산세나 납부지연가산세 등 지방세기본법의 가산세를 부과하지 않는다고 하고, 제4항은 경정청구로 생긴 환급세액에 지방세환급가산금을 지급하지 않는다고 정합니다.
그런데 같은 조 제6항은 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 법인이 사업장 소재지별로 각각 신고납부하지 않고 하나의 지방자치단체에 일괄하여 확정신고한 경우에는 제3항 후단을 적용하지 않되 제4항은 적용한다고 정합니다. 이때 지방세기본법 제53조 제1항의 가산세는 무신고납부세액의 100분의 10으로 합니다. 지방세기본법 제53조 제1항이 정한 원래 무신고가산세는 100분의 20입니다.
질문하신 법인은 본사 관할 한 곳에 전액을 일괄 신고했으므로 제6항에 해당합니다. 공장 소재 지방자치단체에는 신고하지 않은 상태이므로 부과고지 전에 기한 후 신고를 하고 그 몫을 납부해야 하며, 무신고가산세는 그 무신고납부세액의 100분의 10입니다. 지방세기본법 제51조 제1항은 법정신고기한까지 신고하지 않은 자가 지방자치단체의 장이 결정하여 통지하기 전에는 기한후신고서를 낼 수 있다고 하고, 제2항은 납부할 세액이 있으면 함께 납부하도록 정합니다. 제3항 후단이 적용되지 않으므로 지방세기본법 제55조의 납부지연가산세도 함께 계산됩니다. 같은 조 제1항 제1호는 미납세액에 법정납부기한 다음 날부터 자진납부일까지의 일수와 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하도록 정하므로, 늦어질수록 늘어납니다. 본사 관할 구청에 더 낸 공장 몫은 그 구청에 경정청구를 해 돌려받되, 지방세법 제103조의24 제4항에 따라 환급가산금은 없습니다.
본점 일괄 청구는 지방세법 제103조의24 제5항이 정합니다. 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 법인은 신고한 과세표준에 대해 본점 소재지 관할 지방자치단체의 장에게 일괄하여 경정 등의 청구를 할 수 있고, 본점 관할 지방자치단체의 장은 그 내용을 다른 사업장 관할 지방자치단체의 장에게 통보합니다.
부과고지가 나오기 전에 정리해야 제103조의24 제2항의 절차를 쓸 수 있으므로 서둘러 진행하세요. 당초 신고서와 납부 영수증, 사업장별 안분 계산 자료를 함께 준비해 두시기 바랍니다.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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