미분양주택 양도세 감면, 취득 후 5년이 지나 팔면 얼마나 줄어드나요?

Q

예전에 정부가 미분양 아파트 해소를 위해 양도세 감면 혜택을 주던 기간에, 건설사와 처음 분양계약을 맺고 서울 밖 지역의 미분양 아파트를 샀습니다. 10년 넘게 보유하다가 이번에 팔려고 합니다. 5년 안에 팔았으면 양도세를 전부 감면받는다고 들었는데, 5년이 지난 지금 팔면 감면이 어떻게 달라지는지, 그 아파트가 수도권과밀억제권역에 있으면 얼마나 줄어드는지 알고 싶습니다.

A
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취득일부터 5년이 지난 뒤 팔면 양도소득세 전액 감면이 아니라, 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 빼는 방식이 적용됩니다. 아파트가 수도권과밀억제권역에 있으면 그 5년간 양도소득금액의 100분의 60만 뺍니다. 5년 이후에 생긴 소득에는 과세됩니다. 조세특례제한법 제98조의3 제1항은 거주자 등이 서울특별시 밖의 지역(소득세법에 따른 지정지역은 제외)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택을, 법이 정한 기간(거주자는 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지) 중에 주택법에 따라 주택을 공급하는 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득한 경우를 정합니다. 20호 미만의 주택을 공급하는 경우에는 해당 주택건설사업자와의 계약도 포함되고, 2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우도 취득에 포함됩니다. 이 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도하면 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역은 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면합니다. 5년이 지난 후 양도하면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역은 그 100분의 60)을 과세대상소득금액에서 빼고, 빼는 금액이 과세대상소득금액보다 크면 그 초과금액은 없는 것으로 봅니다. 같은 조 제4항은 이 주택의 장기보유특별공제액을 양도차익에 소득세법 제95조 제2항 표1(같은 항 단서에 해당하면 표2)의 보유기간별 공제율을 곱해 계산하고, 세율은 소득세법 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용한다고 정합니다. 제3항은 1세대 1주택 비과세를 정한 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 이 주택을 거주자의 소유주택으로 보지 않는다고 정하고, 제5항은 5년간 양도소득금액의 계산 방법을 대통령령에 맡깁니다. 질문하신 경우 10년 넘게 보유했으므로 5년 이내 양도에 주는 감면은 적용되지 않고, 5년간 발생한 양도소득금액 공제가 적용됩니다. 과밀억제권역 밖이면 그 금액 전부를, 과밀억제권역이면 100분의 60을 뺍니다. 취득 후 5년이 지난 뒤의 상승분은 빼 주지 않으므로, 실제 효과는 처음 5년 동안 오른 금액이 얼마인지에 달려 있습니다. 공제 뒤 남는 소득에는 제4항의 장기보유특별공제와 세율이 적용됩니다. 또 이 아파트는 다른 집을 팔 때 1세대 1주택 비과세를 판단하는 주택 수에서 빠집니다. 분양계약서와 계약금·잔금 납부 내역, 취득 당시 미분양주택이었음을 보여 주는 자료를 먼저 찾아 두세요. 대통령령으로 정하는 미분양주택에 해당하는지와 5년간 양도소득금액의 계산이 이 자료에 따라 정해집니다. 양도 전에 예상 세액을 미리 계산해 보시기 바랍니다. 5년간 발생한 양도소득금액을 어떻게 나누어 계산하는지는 대통령령에 따르므로, 취득 당시와 5년이 되는 시점의 가격 자료가 중요합니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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