직원 20명 정도의 비상장 법인을 운영하고 있습니다. 회사가 갖고 있던 자기주식 일부를 증권회사를 거치지 않고 직원 몇 명에게 직접 팔았고, 퇴사하는 직원에게서는 회사가 주식을 사들이기도 했습니다. 증권거래세를 신고해야 한다는 말은 들었는데, 회사가 이와 관련해 장부를 따로 갖춰 둬야 하는지, 둔다면 무엇을 적고 몇 년 동안 보관해야 하는지 알고 싶습니다.
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회사가 자기주식을 직원에게 직접 판 거래는 회사가 증권거래세 납세의무자이므로, 회사는 관계 장부를 갖추어 거래 내용을 적고 해당 신고일부터 5년간 보존해야 합니다. 반대로 퇴사 직원에게서 회사가 사들인 거래는 주식을 판 직원이 납세의무자이므로 이 장부 의무의 대상이 아닙니다. 회사가 판 거래와 산 거래를 나누어 관리하는 것이 핵심입니다.
증권거래세법 제2조 본문은 주권 또는 지분의 양도에 증권거래세를 부과한다고 정합니다. 제3조 제3호는 같은 조 제1호(전자등록기관 등의 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우)와 제2호(금융투자업자를 통하여 양도하는 경우) 외의 방법으로 주권등을 양도하는 경우 그 양도자를 납세의무자로 합니다. 제15조 제1항은 증권거래세의 납세의무자인 법인은 관계 장부를 갖추어 두고 주권등의 종류·수량·거래금액과 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 적어야 한다고 하고, 같은 조 제2항은 그 장부를 해당 신고일부터 5년간 보존하도록 정합니다.
증권회사를 거치지 않고 회사와 직원이 직접 계약해 자기주식을 넘겼다면 제3조 제3호의 양도이고, 양도자는 회사이므로 회사가 납세의무자인 법인이 됩니다. 따라서 매도 건마다 주식의 종류, 수량, 거래금액 등을 장부에 적고, 그 거래에 대한 증권거래세 신고일부터 5년간 보관해야 합니다. 신고는 제10조 제1항 제2호에 따라 매 반기분을 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 합니다. 퇴사 직원에게서 사들인 주식은 그 직원이 양도자이므로 직원이 신고·납부합니다. 그래도 회사는 취득 경위를 보여 줄 계약서와 대금 지급 자료를 남겨 두는 것이 좋습니다.
장부에는 제15조 제1항이 정한 주권등의 종류, 수량, 거래금액을 기본으로 적고, 그 밖의 사항은 대통령령이 정하는 바를 따릅니다. 거래일, 상대방 직원, 1주당 가격, 대금 수령일, 신고한 반기와 신고일도 함께 적어 두면 관리가 쉽습니다. 보존 기간 5년은 거래일이 아니라 해당 신고일부터 센다는 점에 주의하세요. 어느 반기에 판 주식이라면 그 반기분 증권거래세를 신고한 날부터 5년입니다.
제11조 제2항은 세무서장이 결정하거나 경정할 때 장부나 그 밖의 증명자료를 근거로 하되, 이를 근거로 할 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 추계할 수 있다고 정합니다. 또 제7조 제1항 제2호 가목은 양도가액을 과세표준으로 하되, 법인세법 등에 따라 시가보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되면 시가액을 과세표준으로 한다고 정합니다. 직원에게 정한 가격의 근거도 장부와 함께 보관해 두세요. 제12조는 납세의무자가 휴업 또는 폐업하거나 증권거래세를 포탈할 우려가 있다고 인정될 때 세무서장이 수시로 과세표준과 세액을 조사·결정할 수 있다고 정하고, 이때도 장부 등을 근거로 합니다.
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※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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