회사가 낸 기여금 부분은 근로소득으로 보아 소득세가 붙지만, 요건을 갖추면 그 소득세의 일정 비율을 감면받습니다. 중소기업 근로자는 대통령령으로 정하는 청년에 해당하면 100분의 90, 그 밖의 경우에는 100분의 50을 감면합니다. 공제금 중 본인 납입금과 기여금을 뺀 나머지는 이자소득으로 과세됩니다. 조세특례제한법 제29조의6 제1항은 중소기업 인력지원 특별법에 따른 성과보상기금의 공제사업으로서 대통령령으로 정하는 공제사업에 법이 정한 적용기한까지 가입한 중소기업 또는 중견기업 근로자가 공제납입금을 3년 이상 납입하고 공제금을 받는 경우, 해당 기업이 부담한 기여금 부분을 근로소득으로 보아 소득세를 부과하되 일정 비율의 세액을 감면한다고 정합니다. 중소기업 근로자는 청년이면 100분의 90, 그 밖에는 100분의 50이고, 중견기업 근로자는 각각 100분의 50과 100분의 30입니다. 같은 항 단서는 해당 기업이 폐업하거나 법인을 해산하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 3년 이상 납입하지 못한 경우에도 감면한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 공제금 중 핵심인력이 낸 공제납입금과 기여금을 뺀 금액을 이자소득으로 보아 과세합니다. 5년 동안 납입했다면 3년 이상 납입 요건은 채운 것으로 보입니다. 다만 감면 대상에서 해당 기업의 최대주주 등은 빠지는데, 조세특례제한법 시행령 제26조의6 제2항은 최대주주나 최대출자자와 그 배우자, 이들의 직계존비속과 그 배우자, 이들과 국세기본법 시행령에 따른 친족관계에 있는 사람을 제외 대상으로 정합니다. 대표님과 친척 관계가 아니라면 이 제외 사유와는 거리가 멉니다. 청년 감면율 적용 여부는 대통령령이 정한 청년 요건에 해당하는지로 정해지므로 회사 담당자와 확인하세요. 대표님과 친척이 아니더라도 본인이 회사의 최대주주나 최대출자자라면 감면 대상에서 빠진다는 점도 함께 기억해 두세요. 또 제1항은 법이 정한 적용기한까지 가입한 근로자에게 감면을 적용하므로, 가입일이 그 안에 있는지 가입 서류로 확인해 두세요. 감면세액은 같은 시행령 제26조의6 제4항에 따라 종합소득산출세액에 종합소득금액 중 근로소득금액의 비율과 총급여액 중 기여금의 비율, 감면율을 차례로 곱해 계산합니다. 쉽게 말하면 근로소득으로 계산된 세금 가운데 기여금이 차지하는 몫에 감면율을 곱하는 방식이어서, 청년 감면율 100분의 90이 적용되면 기여금 몫 세금의 10퍼센트 정도만 부담하고, 그 밖의 중소기업 근로자는 절반을 부담합니다. 이자 부분은 감면 대상인 기여금 부분이 아니라 제2항의 이자소득이므로, 만기 지급 명세에서 본인 납입금, 기여금, 이자가 각각 얼마인지 나누어 확인하세요. 감면은 신청 절차를 거쳐야 하므로, 공제금을 받기 전에 회사를 통해 신청 방법과 기한을 미리 챙기세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.