신축 감면주택 양도소득세, 10년 만에 팔면 5년간 오른 몫을 빼 주나요?

요건을 갖춘 감면주택이라면, 취득일부터 5년이 지난 뒤 팔 때 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제받습니다. 5년간의 몫은 기준시가가 오른 비율로 나누어 계산합니다. 이 혜택은 감면 대상 주택임을 확인받은 매매계약서 사본을 세무서에 내야 적용됩니다. 조세특례제한법 제99조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 신축주택이나 미분양주택 등으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 전용면적이 85제곱미터 이하인 주택을, 법이 정한 과세특례 기간에 주택을 공급하는 사업주체 등과 최초로 매매계약을 맺어 취득한 경우를 정합니다. 취득일부터 5년 이내에 팔면 양도소득세를 전액 감면하고, 5년이 지난 뒤 팔면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 공제합니다. 공제액이 과세대상소득금액보다 크면 그 초과액은 없는 것으로 봅니다. 같은 조 제4항은 감면 대상 주택임을 확인받아 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제99조의2 제7항은 5년간의 양도소득금액을 시행령 제40조 제1항을 준용해 계산하도록 합니다. 제40조 제1항은 양도소득금액에, 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액을 양도 당시 기준시가에서 취득 당시 기준시가를 뺀 금액으로 나눈 비율을 곱하도록 정합니다. 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도하거나 5년이 되는 날이 오면 직전의 기준시가를 적용합니다. 시행령 제99조의2 제2항 제1호는 사업주체 등과 실제로 거래한 가액이 6억원을 넘고 전용면적도 85제곱미터를 넘는 주택은 대상에서 제외한다고 정합니다. 질문하신 아파트는 전용면적과 분양가 모두 요건 안에 있고, 10년 만에 파는 것이므로 공제 방식이 적용됩니다. 예를 들어 기준시가가 취득 당시 3억원, 5년이 되는 날 4억원, 양도 당시 5억원이라면 전체 양도소득금액의 절반이 5년간의 몫으로 공제되고, 나머지 절반에 대해서만 세금을 계산합니다. 만약 5년 안에 팔았다면 공제가 아니라 양도소득세 전액 감면이 적용되었을 것입니다. 다만 같은 조 제3항은 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 이 특례를 적용하지 않는다고 정합니다. 시행령 같은 조 제8항은 이 특례를 받으려면 양도소득 과세표준 예정신고나 확정신고를 할 때, 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 세무서장에게 내도록 정합니다. 제11항은 사업주체 등이 매매계약을 맺는 즉시 계약서 2부에 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그중 1부를 매수인에게 교부하도록 정합니다. 확인 도장을 받은 계약서 원본을 잘 찾아 두시고, 취득 당시와 5년이 되는 날, 양도 당시의 기준시가 자료를 미리 확인해 두세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.