법인지방소득세도 돌려받을 수 있고, 세무서에 법인세 결손금 소급공제 환급을 신청하면 법인지방소득세 환급도 신청한 것으로 봅니다. 환급 한도는 직전 사업연도 소득에 과세된 법인지방소득세액입니다. 둘 이상의 지방자치단체에서 법인지방소득세를 부과받았다면 각 지방자치단체에서 나누어 환급하거나 충당합니다. 지방세법 제103조의28 제1항은 내국법인이 법인세법 제72조에 따라 결손금 소급공제에 따른 환급을 신청하는 경우, 직전 사업연도 소득에 과세된 법인지방소득세액을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 결손금 소급공제세액을 환급신청할 수 있다고 정합니다. 같은 조 제2항 본문은 신고기한까지 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신청하도록 하면서, 단서에서 내국법인이 세무서장 등에게 법인세법 제72조에 따른 환급을 신청했다면 이 환급도 신청한 것으로 본다고 정합니다. 같은 조 제3항은 신청을 받은 지방자치단체의 장이 지체 없이 환급세액을 결정해 환급하거나 충당하도록 하고, 단서에서 법인지방소득세를 둘 이상의 지방자치단체에서 부과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 각각의 납세지 관할 지방자치단체에서 환급하거나 충당하도록 정합니다. 법인세법 제72조 제1항은 중소기업인 내국법인에 결손금이 생기면 직전 사업연도의 법인세액을 한도로, 직전 사업연도 산출세액에서 직전 사업연도 과세표준에서 소급공제받으려는 결손금을 뺀 금액에 직전 사업연도 세율을 적용한 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있게 하고, 제2항은 신고기한까지 세무서장에게 신청하도록 정합니다. 질문하신 법인이 중소기업으로서 세무서에 법인세 결손금 소급공제 환급을 신청하면, 법인지방소득세는 따로 신청서를 내지 않아도 신청한 것으로 처리됩니다. 사업장이 두 지역에 있어 두 지방자치단체에 법인지방소득세를 냈다면, 환급도 각 지방자치단체에서 나누어 받게 되며, 그 나누는 방법은 대통령령으로 정하는 바에 따릅니다. 다만 제4항은 결손금이 생긴 사업연도의 과세표준과 세액을 신고하고, 직전 사업연도의 법인지방소득세도 신고했거나 부과받은 경우에만 적용한다고 정합니다. 같은 조 제5항은 환급 뒤 경정으로 결손금이나 환급세액이 줄거나, 중소기업에 해당하지 않는 법인이 환급받은 경우 그 세액을 다시 징수한다고 정합니다. 법인세 쪽도 법인세법 제72조 제5항이 같은 경우 환급세액에 이자상당액을 더해 징수하도록 하고, 제6항은 계산의 기초가 된 직전 사업연도 법인세액이나 과세표준이 달라지면 환급세액을 즉시 경정해 더 돌려주거나 다시 징수하도록 정합니다. 중소기업 해당 여부와 결손금 계산 근거와 두 사업연도의 신고서 사본을 정리해 두시고, 환급이 늦어지면 각 지방자치단체에 처리 상황을 확인해 보세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.