감면주택 있는 1세대 1주택 비과세, 살던 집 팔 때 주택 수에서 빠지나요?

조세특례제한법 제99조의2 제1항을 적용받는 감면주택은 1세대 1주택 비과세를 판단할 때 거주자의 소유주택으로 보지 않습니다. 따라서 감면주택 말고 다른 주택이 없다면 오래 살던 집은 1주택으로 보아 비과세 여부를 판단합니다. 다만 1세대 1주택 비과세의 다른 요건과 고가주택 제외 기준은 따로 충족해야 합니다. 조세특례제한법 제99조의2 제2항은 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는다고 정합니다. 제1항은 대통령령으로 정하는 신축주택이나 미분양주택 등으로서 취득가액 6억원 이하이거나 전용면적 85제곱미터 이하인 주택을 법이 정한 과세특례 기간에 사업주체 등과 최초로 매매계약을 맺어 취득한 경우를 정하고, 제4항은 감면 대상 주택임을 확인받아 세무서장에게 제출한 경우에만 감면을 적용한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제99조의2 제1항 제1호는 입주자 계약일이 지난 주택단지에서 법이 정한 날까지 분양계약이 체결되지 않아 그 뒤 선착순으로 공급하는 주택을 신축주택등에 포함합니다. 소득세법 제89조 제1항 제3호는 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택과 그 부수토지의 양도소득에 양도소득세를 과세하지 않는다고 정하면서, 양도 당시 실지거래가액 합계액이 12억원을 넘는 고가주택은 비과세 대상에서 제외합니다. 같은 조 제2항은 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 함께 보유하다가 그 주택을 양도하면 원칙적으로 제1항 제3호를 적용하지 않는다고 정합니다. 질문하신 경우 미분양 아파트가 제1항의 감면 대상 주택이라면, 오래 살던 집을 팔 때 그 아파트는 주택 수에 넣지 않습니다. 세대 안에 다른 주택이 없다면 오래 살던 집은 1세대 1주택으로 보고, 대통령령이 정하는 보유기간 등 요건을 갖추었는지에 따라 비과세 여부가 정해집니다. 오래 살던 집의 양도가액이 12억원을 넘으면 고가주택이므로 이 비과세 대상에서 제외됩니다. 또 이 규정은 감면주택만 주택 수에서 빼 줄 뿐이므로, 세대원이 다른 주택을 갖고 있다면 그 주택은 그대로 주택 수에 들어갑니다. 세대가 조합원입주권이나 분양권을 따로 갖고 있다면 제89조 제2항 때문에 결과가 달라질 수 있으니 이 점도 함께 확인하세요. 감면주택이 제1항의 요건을 갖춘 주택이라는 점을 보여 줄 수 있도록 시장·군수·구청장의 확인 날인을 받은 매매계약서를 잘 보관해 두세요. 오래 살던 집의 취득일과 거주기간을 보여 주는 자료, 세대원 전체의 주택 보유 현황도 미리 정리해 두시고, 양도소득세 신고 때 이 자료를 함께 준비하시기 바랍니다. 오래 살던 집의 양도가액이 12억원에 가깝다면 고가주택 해당 여부도 미리 따져 보세요. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.