그렇습니다. 장부나 증명서류로 소득금액을 계산할 수 없어 법인세가 추계로 결정되면, 추계로 결정된 과세표준과 재무상태표상의 당기순이익의 차액은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 처분됩니다. 결손으로 신고했다면 그 결손은 없는 것으로 보고 차액을 계산합니다. 다만 천재지변 등으로 장부가 멸실되어 추계하는 경우에는 기타 사외유출로 처리합니다. 법인세법 제66조 제3항은 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 때 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부 등에 의하여 소득금액을 계산할 수 없으면 추계할 수 있다고 정합니다. 같은 법 시행령 제104조 제1항은 그 사유로 필요한 장부나 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 등을 듭니다. 같은 법 제67조는 결정이나 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 않은 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 상여 등으로 처분한다고 정합니다. 같은 법 시행령 제106조 제2항은 제104조 제2항에 따라 결정된 과세표준과 법인의 재무상태표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 않은 금액)을 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 하고, 법 제68조 단서에 해당하는 경우에는 기타 사외유출로 한다고 정합니다. 법 제68조 단서는 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실되어 추계하는 경우입니다. 시행령 제106조 제3항은 이때 법인이 결손신고를 한 경우 그 결손은 없는 것으로 본다고 정합니다. 소득세법 제20조 제1항 제3호는 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액을 근로소득으로 정합니다. 질문하신 경우 장부와 증빙을 갖추지 못한 것이 추계 사유라면 천재지변 등으로 멸실된 경우가 아니므로 제106조 제2항 본문이 적용되어, 차액이 대표님에 대한 상여로 처분됩니다. 그 금액은 소득세법상 근로소득이 되므로 대표님 개인의 소득세 문제로 이어집니다. 회사가 결손으로 신고했더라도 제3항에 따라 결손은 없는 것으로 보므로, 신고한 결손 금액만큼 차액이 줄어드는 효과는 없습니다. 또한 시행령 제106조 제1항 제3호 아목은 이렇게 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 손비로 계상하거나 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 않아 익금에 산입한 금액을 기타 사외유출로 하도록 정합니다. 회사가 대신 낸 세금도 별도로 처리된다는 점을 알아 두세요. 추계로 결정되기 전에 매출과 매입 증빙, 통장 거래 내역, 급여 지급 자료처럼 남아 있는 자료를 최대한 모아 장부를 갖추는 것이 중요합니다. 세무서에서 받은 통지의 내용과 기한을 확인하고, 제출한 자료의 사본을 보관해 두시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.