세무조사대응 추계 과세, 장부 일부가 틀리면 매출 전체를 추정할 수 있나요?

장부를 갖추어 기록하고 있는 사업자라면 세무서는 원칙적으로 그 장부와 관련 증거자료로 과세표준을 조사하고 결정해야 합니다. 장부 일부가 사실과 다르거나 빠진 거래가 있으면 그 부분만 세무서가 조사한 사실로 고쳐 결정할 수 있습니다. 장부 전체 대신 소득을 추정하는 추계는 법령이 정한 사유가 있을 때만 할 수 있고, 장부와 다르게 결정했다면 결정서에 조사한 사실과 결정의 근거가 적혀야 합니다. 국세기본법 제16조 제1항은 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있으면 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 관계 증거자료에 의하여야 한다고 정합니다. 같은 조 제2항은 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 정하고, 제3항은 그렇게 결정했을 때 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적도록 합니다. 추계는 소득세법 제80조 제3항이 정합니다. 결정이나 경정은 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 해야 하고, 대통령령으로 정하는 사유로 장부 등에 의해 소득금액을 계산할 수 없는 경우에만 추계조사결정을 할 수 있습니다. 같은 법 시행령 제143조 제1항은 그 사유를 세 가지로 정합니다. 첫째, 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액과 주요 경비 등 중요한 부분이 미비하거나 허위인 경우입니다. 둘째, 기장 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재, 상품의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우입니다. 셋째, 원자재사용량, 전력사용량 등 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우입니다. 신고 내용에 탈루나 오류가 있어 소득세법 제80조 제2항 제1호에 따라 경정하는 경우에도 제3항 본문이 그대로 적용되므로, 경정 역시 장부와 증명서류를 근거로 하는 것이 원칙입니다. 질문하신 경우 일부 거래의 증빙이 장부와 맞지 않는다는 사정은 원칙적으로 그 거래 부분을 조사한 사실대로 고치는 사유입니다. 매출 전체를 업종 평균으로 추정하려면 세무서가 수입금액 같은 중요한 부분이 미비하거나 허위라는 등 위 사유 가운데 어디에 해당하는지를 밝혀야 합니다. 조사관에게 어떤 사유로 추계를 하려는지 확인하고, 문제가 된 거래가 장부 전체를 믿을 수 없게 할 정도인지를 따져 보는 것이 핵심입니다. 장부와 다른 부분만 고쳐 결정하는 경우에도 결정서에는 세무서가 조사한 구체적 사실과 그렇게 결정한 근거가 적혀 있어야 합니다. 결정서를 받으면 이 내용이 빠지지 않았는지 확인하세요. 조사 단계에서 맞지 않는다고 지적된 거래의 계약서, 입금 내역, 세금계산서 등을 정리해 소명하고, 나머지 장부는 증빙과 맞는다는 점을 보여 주는 자료를 함께 준비하시기 바랍니다. 구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다. ※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.