수도권과밀억제권역에서 5년 넘게 공장을 운영해 온 제조 중소기업입니다. 공장시설 전부를 수도권 밖 지방으로 옮기려고 준비하고 있고, 옮긴 뒤에는 법인세를 감면받을 수 있다고 들었습니다. 그런데 감면받는 세액 전체에 한도가 있다는 이야기도 들었습니다. 한도가 있다면 투자한 금액과 직원 수로 어떻게 계산하는지, 감면받은 뒤 직원이 줄면 어떻게 되는지 알고 싶습니다.
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네, 한도가 있습니다. 공장을 수도권 밖으로 옮겨 법인세를 감면받는 기간 동안 감면받는 세액의 총합계액은 투자누계액의 100분의 70과 이전한 공장의 상시근로자 수에 따른 금액을 합한 금액을 넘을 수 없습니다. 근로자 수 부분으로 감면받은 뒤 직원이 줄면 일부를 다시 낼 수 있습니다.
조세특례제한법 제63조 제1항은 수도권과밀억제권역에서 3년(중소기업은 2년) 이상 계속 공장시설을 갖추고 사업한 기업이 공장시설 전부를 수도권 밖(중소기업은 수도권 밖 또는 수도권의 인구감소지역)으로 이전해 법이 정한 적용기한까지 사업을 개시하면, 이전 후 공장에서 생긴 소득에 대해 법인세를 감면한다고 정합니다. 처음 일정 기간은 100분의 100, 그 다음 기간은 100분의 50을 감면하며, 그 기간은 옮겨 가는 지역에 따라 다릅니다.
같은 조 제9항은 감면기간 동안 감면받는 세액의 총합계액을 두 금액의 합으로 제한합니다. 제1호는 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 70입니다. 제2호는 해당 과세연도 이전공장의 상시근로자 수에 1천5백만원을 곱한 금액이고, 청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업을 하는 기업 이전공장의 상시근로자는 1명당 2천만원으로 계산합니다. 같은 법 시행령 제60조 제14항은 투자누계액을 감면받는 해당 과세연도까지 재정경제부령으로 정하는 사업용자산에 투자한 합계액으로 정합니다.
제10항에 따라 각 과세연도에 한도를 적용할 때는 투자누계액 부분을 먼저 적용하고 그 다음에 상시근로자 부분을 적용합니다. 따라서 새 공장에 사업용자산을 많이 투자할수록, 이전공장의 상시근로자가 많을수록 한도가 커집니다.
직원이 줄면 주의해야 합니다. 제11항은 상시근로자 부분 한도를 적용받아 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 이전공장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도보다 줄면 감면세액에 상당하는 금액을 법인세로 내도록 정합니다. 시행령 제60조 제16항은 그 금액을, 감소한 과세연도 직전 2년 이내에 상시근로자 부분으로 감면받은 세액 합계에서 감소한 과세연도 이전공장의 상시근로자 수에 1천5백만원(청년·서비스업은 2천만원)을 곱한 금액을 뺀 금액으로 정하고, 음수이면 영으로 봅니다.
서비스업 한도를 적용받으면 제12항에 따라 서비스업과 그 밖의 사업을 구분해 경리해야 합니다. 또 제2항은 이전해 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 폐업하는 경우 등 감면세액을 다시 내야 하는 사유를 따로 둡니다. 감면은 시행령 제60조 제9항에 따라 과세표준신고와 함께 세액감면신청서와 감면세액계산서를 내야 적용받습니다. 투자 내역과 연도별 상시근로자 자료를 잘 관리해 두세요.
구체적인 사안은 세무사와 상담하시기 바랍니다.
※ 2026년 10월 현행 법령을 기준으로 정리한 일반 정보입니다. 개별 사안은 전문가와 상담하세요.
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